Bash 找出数字之间的模式并求和？

我的档案：

chr2    10145622        10170989        11
chr7    15682126        15682183        28
chr18   48064121        48064222        10,7
chr23   20637149        20637247        824,86
chr25   2063714         2072977         824,80,62,2
chr16   48064100        48064272        10,9

期望输出：

chr2    10145622        10170989        11
chr7    15682126        15682183        28
chr18   48064121        48064222        17
chr23   20637149        20637247        910
chr25   2063714 2072977 968
chr16   48064100        48064272        19

我试过：

cat test.bed | sed 's/\,/\t/g' | awk '{OFS="\t"; print $1,$2,$3,$4+NF}'

但它的和也是不正确的空白列。事实上，这是真的，因为我已经将“，”替换为tab

如果我们知道最后几列，我们会做得很好

cat test.bed | sed 's/\,/\t/g' | awk '{OFS="\t"; print $1,$2,$3,$4+$5+$6+$7}'

---

但是，我使用了

NF

表示从第4列到最后一列，假设我们不知道文件中有多少图案及其编号。

您可以拆分最后一个字段并对其部分求和：

$ awk '{n=split($NF, a, ","); for (i=1;i<=n;i++) s+=a[i]; $NF=s; s=0}1' file
chr2 10145622 10170989 11
chr7 15682126 15682183 28
chr18 48064121 48064222 17
chr23 20637149 20637247 910
chr25 2063714 2072977 968
chr16 48064100 48064272 19

---

$awk'{n=split（$NF，a，“，”）；对于（i=1；i您可以拆分最后一个字段并对其部分求和：

$ awk '{n=split($NF, a, ","); for (i=1;i<=n;i++) s+=a[i]; $NF=s; s=0}1' file
chr2 10145622 10170989 11
chr7 15682126 15682183 28
chr18 48064121 48064222 17
chr23 20637149 20637247 910
chr25 2063714 2072977 968
chr16 48064100 48064272 19

$awk'{n=split（$NF，a，“，”）；对于（i=1；i您可以拆分最后一个字段并对其部分求和：

$ awk '{n=split($NF, a, ","); for (i=1;i<=n;i++) s+=a[i]; $NF=s; s=0}1' file
chr2 10145622 10170989 11
chr7 15682126 15682183 28
chr18 48064121 48064222 17
chr23 20637149 20637247 910
chr25 2063714 2072977 968
chr16 48064100 48064272 19

$awk'{n=split（$NF，a，“，”）；对于（i=1；i您可以拆分最后一个字段并对其部分求和：

$ awk '{n=split($NF, a, ","); for (i=1;i<=n;i++) s+=a[i]; $NF=s; s=0}1' file
chr2 10145622 10170989 11
chr7 15682126 15682183 28
chr18 48064121 48064222 17
chr23 20637149 20637247 910
chr25 2063714 2072977 968
chr16 48064100 48064272 19

$awk'{n=split（$NF，a，“，”）；for（i=1；i
awk
有一个
split
函数，该函数基于RE拆分字符串并将部分放入数组变量，您可以
拆分逗号上每行的最后一个字段，然后对数组的元素求和

NF==4{split($4,arr,','); $4 = 0; for(i in arr) $4+=arr[i];}
1

NB1当且仅当$4中的数字之间没有空格时，此选项才有效

NB2最后一个
1
强制打印当前行
awk
有一个
split
函数，该函数基于RE拆分字符串并将部分放入数组变量，您可以
拆分逗号上每行的最后一个字段，然后对数组的元素求和

NF==4{split($4,arr,','); $4 = 0; for(i in arr) $4+=arr[i];}
1

NB1当且仅当$4中的数字之间没有空格时，此选项才有效

NB2最后一个
1
强制打印当前行
awk
有一个
split
函数，该函数基于RE拆分字符串并将部分放入数组变量，您可以
拆分逗号上每行的最后一个字段，然后对数组的元素求和

NF==4{split($4,arr,','); $4 = 0; for(i in arr) $4+=arr[i];}
1

NB1当且仅当$4中的数字之间没有空格时，此选项才有效

NB2最后一个
1
强制打印当前行
awk
有一个
split
函数，该函数基于RE拆分字符串并将部分放入数组变量，您可以
拆分逗号上每行的最后一个字段，然后对数组的元素求和

NF==4{split($4,arr,','); $4 = 0; for(i in arr) $4+=arr[i];}
1

NB1当且仅当$4中的数字之间没有空格时，此选项才有效

NB2最后一个
1
强制打印当前行
我怀疑
OFS=\\t
是可取的。或者
awk'{…}'OFS=\\t filename
。这允许您更改每个文件的值：
awk'{…}'OFS=a file1 OFS=b file2
。由于我不知道的原因，这是最有用的形式，但使用最少。+1因为访问数组元素的顺序无关紧要，您可以只使用
in
操作符：
拆分（$NF，a，/，/）；For（a中的i）s+=a[i]
。对于split（）的3rg arg，我使用了regexp分隔符而不是字符串分隔符，因为它是一个regexp，所以这是一个很好的习惯。@EdMorton谢谢！事实上，我在我的解释中对此进行了评论。（我总是想知道是否有人读过它们：D）@fedorqui哦，是的，你也这么做了。idk如果有人阅读解释，我通常不会给出解释，而是让读者自己去思考，试着找出答案，必要时提问：-）。我怀疑
OFS=\\t
是可取的。或者
awk'{…}'OFS=\\t filename
。这允许您更改每个文件的值：
awk'{…}'OFS=a file1 OFS=b file2
。由于我不知道的原因，这是最有用的形式，但使用最少。+1因为访问数组元素的顺序无关紧要，您可以使用
中的
操作符：
拆分（$NF，a，/，/）；for（a中的i）s+=a[i]
。对于split（）的3rg arg，我使用了regexp分隔符而不是字符串分隔符，因为它是一个regexp，所以这是一个很好的习惯。@EdMorton谢谢！事实上，我在我的解释中对此进行了评论。（我总是想知道是否有人读过它们：D）@fedorqui哦，是的，你也这么做了。idk如果有人阅读解释，我通常不会给出解释，而是让读者自己去思考，试着找出答案，必要时提问：-）。我怀疑
OFS=\\t
是可取的。或者
awk'{…}'OFS=\\t filename
。这允许您更改每个文件的值：
awk'{…}'OFS=a file1 OFS=b file2
。由于我不知道的原因，这是最有用的形式，但使用最少。+1因为访问数组元素的顺序无关紧要，您可以使用
中的
操作符：
拆分（$NF，a，/，/）；for（a中的i）s+=a[i]
。对于split（）的3rg arg，我使用了regexp分隔符而不是字符串分隔符，因为它是一个regexp，所以这是一个很好的习惯。@EdMorton谢谢！事实上，我在我的解释中对此进行了评论。（我总是想知道是否有人读过它们：D）@fedorqui哦，是的，你也这么做了。idk如果有人阅读解释，我通常不会给出解释，而是让读者自己去思考，试着找出答案，必要时提问：-）。我怀疑
OFS=\\t
是可取的。或者
awk'{…}'OFS=\\t filename
。这允许您更改每个文件的值：
awk'{…}'OFS=a file1 OFS=b file2
。由于我不知道的原因，这是最有用的形式，但使用最少。+1因为访问数组元素的顺序无关紧要，您可以使用
中的
操作符：
拆分（$NF，a，/，/）；for（a中的i）s+=a[i]
。对于split（）的3rg arg，我使用了regexp分隔符而不是字符串分隔符，因为它是一个regexp，所以这是一个很好的习惯。@EdMorton谢谢！事实上，我在我的解释中对此进行了评论。（我总是想知道是否有人读过它们：D）@fedorqui哦，是的，你也这么做了。idk如果有人阅读解释，我通常不会给出解释，而是让读者自己去思考，试着弄明白，必要时提问：-）。