Bash 将文件按（*）星型字符添加到for循环中的变量

我有一个文件夹结构，其中两个文件位于一个文件夹中。这些文件的名称很长，但由R1和R2区分注意，我使用for循环在多个文件夹上运行此操作，但在本例中保持简单。我正在运行循环，我想知道如何正确调用带有（*）星号的文件以自动完成，而不必键入所有文件名。我的尝试如下：

#!/bin/bash

for item in Folder_Directory:
do
forward=$item/*R1*
reverse=$item/*R2*
bbmap.sh ref=reference.fna in1=$forward in2=$reverse outu=Unmapped.fasta
done

我得到的输出是错误的，因为变量没有标识所需的文件：

错误：

align2.BBMap build=1 overwrite=true fastareadlen=500 ref=reference.fna 
in1=Folder_Dictory/*R1* in2=Folder_Dictory/*R2* outu=Folder_Dictory/Unmapped.fastq

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但是，在本例中，当我扩展此循环以包含多个不再理想的文件夹时，我可以自动完成文件。使用（*）字符自动完成是我的第一种方法，非常感谢您对我的问题提出的任何其他建议或解决方案。

如果您只需要

文件夹结构中的两个文件

，然后我认为最好使用

find

搜索文件，然后根据您的要求将其分配到单独的变量中……这里没有看到

for

循环的用法

forward=$(find Folder_Directory -type f -name "*R1*")
reverse=$(find Folder_Directory -type f -name "*R2*")
bbmap.sh ref=reference.fna in1="$forward" in2="$reverse" outu=Unmapped.fasta

它的工作原理如下：

test=f*
$ echo $test 
file

test3="$(echo $test)"
$ echo "$test" "$test2" "$test3"
f* f* file

但是

及

要使其工作，您必须执行以下操作：

test=f*
$ echo $test 
file

test3="$(echo $test)"
$ echo "$test" "$test2" "$test3"
f* f* file

---

问题是shell在1=Folder\u Dictory/*R1*中看到

in1=

前缀，并注意到没有与glob匹配的文件，因此通配符根本不会展开

您可能希望在将通配符传递给命令之前对其求值，例如

for item in Folder_Directory:
do
  forward=$item/*R1*
  reverse=$item/*R2*
  bbmap.sh ref=reference.fna in1="$(echo $forward)" in2="$(echo $reverse)" outu=Unmapped.fasta
done

---

如果通配符扩展到多个文件，这当然仍然是不稳定的。

这样做了，谢谢！关于是否有多个文件具有该扩展名，这一点很好，谢天谢地，在本例中这是不适用的。我感谢你的答复。