Bash Expect脚本：运行两个名称相似的文件

我正在尝试使用脚本自动运行一个程序，但我做错了什么。 我的当前目录中有一堆文件遵循以下命名约定：

file_name-hereROI.txt
file_name-hereFR.txt
file1_name-hereROI.txt
file1_name-hereFR.txt
file_name1-hereROI.txt
file_name1-hereFR.txt
file_name-here1ROI.txt
file_name-here1FR.txt

我想做的是在每一对上运行一个程序。因此，如果“ROI”或“FR”之前的字符串相同，则应通过水进行比较。 我写过：

  1 #/usr/bin/expect
  2 for f in *ROI.fasta
  3 do
  4   for f2 in *FR.fasta
  5   do
  6     fROI=$(echo $f | cut -d'ROI' -f 1)
  7     f2ROI=$(echo $f2 | cut -d'FR' -f 1)
  8     if [$fROI == $f2ROI]
  9     then
 10       spawn water f f2
 11       expect "Gap opening penalty [10.0]:"
 12       send "\n"
 13       expect "Gap extension penalty [0.5]:"
 14       send "\n"
 15       expect "Output alignment"
 16       send "\n"
 17       close
 18     fi
 19   done < ls
 20 done < ls

---

我认为您正在混淆bash和Tcl/Expect符号

Expect是Tcl的一个扩展，因此，如果要让Expect解释脚本，则需要使用Tcl的构造

首先，您需要使用Tcl的“For”循环

有关所需的其他条件（if、while等），请参阅Tcl文档的其余部分。

foreach f[glob*ROI.txt]{
设置f2“[string range$f 0[expr{[string length$f]-8}]]FR.txt”
如果{[文件存在$f2]}{
产卵水$f$f2
# ...
}
}

避免硬编码数字“8”

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这是一个很好的资源。如果我想把-8改为-10，我该怎么说呢？在bash中，必须使用特殊的括号。

$ expect water.sh 
wrong # args: should be "for start test next command"
    while executing
"for f in *ROI.fasta"
    (file "water.sh" line 2)

set suffix "ROI.txt"
set new_suffix "FR.txt"
foreach f [glob *$suffix] {
    set prefix [regsub "$suffix\$" $f ""]
    # or
    set idx [string last $suffix $f]
    set prefix [string range $f 0 [incr idx -1]]

    set f2 $prefix$new_suffix
    # ...
}