Cluster computing snakemake群集配置文件导致空日志文件

Cluster computing snakemake群集配置文件导致空日志文件,cluster-computing,hpc,snakemake,Cluster Computing,Hpc,Snakemake,使用群集配置文件的snakemake规则中的日志文件时,这些日志文件最终为空。下面是一个小例子: 蛇形档案: rule test: output: "res/test" log : stdout = "res/test.log", stderr = "res/test.err", shell : ''' echo "blablabla" touch

使用群集配置文件的snakemake规则中的日志文件时,这些日志文件最终为空。下面是一个小例子:

蛇形档案:

rule test:
    output: "res/test"
    log   : stdout = "res/test.log",
            stderr = "res/test.err",
    shell : '''
    echo "blablabla"
    touch -m {output}
    '''
cluster: qsub -b y -cwd -V -e {log.stderr} -o {log.stderr} -l m_mem_free={resources.mem_mb}m -N {rule}
default-resources: [mem_mb=8000]
群集配置文件:

rule test:
    output: "res/test"
    log   : stdout = "res/test.log",
            stderr = "res/test.err",
    shell : '''
    echo "blablabla"
    touch -m {output}
    '''
cluster: qsub -b y -cwd -V -e {log.stderr} -o {log.stderr} -l m_mem_free={resources.mem_mb}m -N {rule}
default-resources: [mem_mb=8000]
这将导致空的stdout和stderr文件。如果我改为使用集群配置文件

cluster: qsub -b y -cwd -V -e {log}.stderr -o {log}.stderr -l m_mem_free={resources.mem_mb}m -N {rule}
default-resources: [mem_mb=8000]
在日志文件得到一些后缀的地方,它可以正常工作。但是,在这种情况下,snakemake不会在新运行之前清空日志文件。有没有办法防止snakemake删除文件


谢谢

你确定snakemake会删除日志吗?它从来没有为我这样做过