Compilation 编译并行netCDF时出错

我正在尝试编译并安装带有HDF5并行构建的netCDF

首先我安装了最新的zlib，然后我安装了串行HDF5和并行HDF5，以便

/scratch/mycomputername/packages/。。。包含HDF5和zlib lib、include、bin文件夹

/scratch/mycomputername/packages\u并行。。。包含并行HDF5和zlib库、include和bin文件夹

***ZLIB安装：

./configure --prefix=/scratch/mycomputername/packages
make
make test
make install prefix=/scratch/mycomputername/packages

&

***HDF5安装：

./configure --prefix=/scratch/mycomputername/packages --enable-fortran --with-zlib=/scratch/mycomputername/packages/include,/scratch/mycomputername/packages/lib
make
make check
make install prefix=/scratch/dione/packages

&

---

***然后，安装我使用的串行netCDF

./configure --prefix=/scratch/mycomputername/packages CPPFLAGS=-I/scratch/mycomputername/packages/include LDFLAGS=-L/scratch/computername/packages/lib
make
make check
make install prefix=/scratch/mycomputername/packages

这是成功的

***然而，当我尝试对并行netCDF执行同样的操作时，我遇到了错误。 我曾经

我得到了一个错误：

正在检查hdf5.h可用性。。。不
正在检查hdf5.h是否存在。。。不
正在检查hdf5.h。。。不
配置：错误：使用HDF5编译测试失败。找不到hdf5.h，或者出于其他原因应检查config.log

我也试过了

./configure--prefix=/scratch/computername/packages\u parallel--with-hdf5=/scratch/mycomputername/packages\u parallel/--with-zlib=/scratch/mycomputername/packages\u parallel/lib

但是我得到上面引用的错误消息

---

有人知道为什么并行版本在查找HDF5库时会遇到问题吗？

请确保为编译和安装的每个软件包向.profile或.bashrc文件添加必要的路径。例如，您需要在ZLIB安装后添加此选项（假定安装目录为/usr/local）：

对于HDF5，我始终使用以下各项：

export HDF5_LIB_DIR="/usr/local/lib"
if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"; export LD_LIBRARY_PATH
else
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi
if [ -z "${LIBDIR}" ]
then
LIBDIR="/usr/local/lib"; export LIBDIR
else
LIBDIR="/usr/local/lib:${LIBDIR}"; export LIBDIR
fi
export INCLUDE=/usr/local/lib:$Include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
export HDF5_LIB_DIR=/usr/local/lib
export HDF5DIR=/usr/local
export HDF5_DIR=/usr/local
export CPPFLAGS="-I$HDF5_DIR/include -I/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L$HDF5_DIR/lib -L/usr/local/lib"

最后，在安装NetCDF后，我使用：

export NETCDFHOME=/usr/local
export NETCDF_PREFIX=/usr/local
export NETCDF_LIB=/usr/local/lib
export NETCDF4_ROOT=/usr/local
export NETCDF4_DIR=/usr/local
export NETCDF_INC=/usr/local/include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

---

希望这有帮助。干杯，Trond

确保为编译和安装的每个软件包向.profile或.bashrc文件添加必要的路径。例如，您需要在ZLIB安装后添加此选项（假定安装目录为/usr/local）：

对于HDF5，我始终使用以下各项：

export HDF5_LIB_DIR="/usr/local/lib"
if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"; export LD_LIBRARY_PATH
else
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi
if [ -z "${LIBDIR}" ]
then
LIBDIR="/usr/local/lib"; export LIBDIR
else
LIBDIR="/usr/local/lib:${LIBDIR}"; export LIBDIR
fi
export INCLUDE=/usr/local/lib:$Include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
export HDF5_LIB_DIR=/usr/local/lib
export HDF5DIR=/usr/local
export HDF5_DIR=/usr/local
export CPPFLAGS="-I$HDF5_DIR/include -I/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L$HDF5_DIR/lib -L/usr/local/lib"

最后，在安装NetCDF后，我使用：

export NETCDFHOME=/usr/local
export NETCDF_PREFIX=/usr/local
export NETCDF_LIB=/usr/local/lib
export NETCDF4_ROOT=/usr/local
export NETCDF4_DIR=/usr/local
export NETCDF_INC=/usr/local/include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

---

希望这有帮助。干杯，Trond

确保为编译和安装的每个软件包向.profile或.bashrc文件添加必要的路径。例如，您需要在ZLIB安装后添加此选项（假定安装目录为/usr/local）：

对于HDF5，我始终使用以下各项：

export HDF5_LIB_DIR="/usr/local/lib"
if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"; export LD_LIBRARY_PATH
else
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi
if [ -z "${LIBDIR}" ]
then
LIBDIR="/usr/local/lib"; export LIBDIR
else
LIBDIR="/usr/local/lib:${LIBDIR}"; export LIBDIR
fi
export INCLUDE=/usr/local/lib:$Include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
export HDF5_LIB_DIR=/usr/local/lib
export HDF5DIR=/usr/local
export HDF5_DIR=/usr/local
export CPPFLAGS="-I$HDF5_DIR/include -I/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L$HDF5_DIR/lib -L/usr/local/lib"

最后，在安装NetCDF后，我使用：

export NETCDFHOME=/usr/local
export NETCDF_PREFIX=/usr/local
export NETCDF_LIB=/usr/local/lib
export NETCDF4_ROOT=/usr/local
export NETCDF4_DIR=/usr/local
export NETCDF_INC=/usr/local/include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

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希望这有帮助。干杯，Trond

确保为编译和安装的每个软件包向.profile或.bashrc文件添加必要的路径。例如，您需要在ZLIB安装后添加此选项（假定安装目录为/usr/local）：

对于HDF5，我始终使用以下各项：

export HDF5_LIB_DIR="/usr/local/lib"
if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"; export LD_LIBRARY_PATH
else
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi
if [ -z "${LIBDIR}" ]
then
LIBDIR="/usr/local/lib"; export LIBDIR
else
LIBDIR="/usr/local/lib:${LIBDIR}"; export LIBDIR
fi
export INCLUDE=/usr/local/lib:$Include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
export HDF5_LIB_DIR=/usr/local/lib
export HDF5DIR=/usr/local
export HDF5_DIR=/usr/local
export CPPFLAGS="-I$HDF5_DIR/include -I/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L$HDF5_DIR/lib -L/usr/local/lib"

最后，在安装NetCDF后，我使用：

export NETCDFHOME=/usr/local
export NETCDF_PREFIX=/usr/local
export NETCDF_LIB=/usr/local/lib
export NETCDF4_ROOT=/usr/local
export NETCDF4_DIR=/usr/local
export NETCDF_INC=/usr/local/include
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

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希望这有帮助。Cheers，Trond

从netcdf自述文件中，建议同时指定包含路径（CPPFLAGS）和链接器标志（LDFLAGS、库路径和附加库）

当我包含pnetcdf，并将hdf5 include目录的路径添加到cppfaglass，将hdf5 lib目录的路径添加到mpi库，并将-lmpi添加到LDFLAGS时，我遇到了与您相同的问题

以下是一个命令中的所有内容：

CPPFLAGS="-I/usr/local/pnetcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/mpi/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/pnetcdf/lib -L/usr/local/mpi/lib -lmpi" ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-pnetcdf

---

在netcdf自述文件中，建议同时指定包含路径（CPPFLAGS）和链接器标志（LDFLAGS、库路径和其他库）

当我包含pnetcdf，并将hdf5 include目录的路径添加到cppfaglass，将hdf5 lib目录的路径添加到mpi库，并将-lmpi添加到LDFLAGS时，我遇到了与您相同的问题

以下是一个命令中的所有内容：

CPPFLAGS="-I/usr/local/pnetcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/mpi/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/pnetcdf/lib -L/usr/local/mpi/lib -lmpi" ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-pnetcdf

---

在netcdf自述文件中，建议同时指定包含路径（CPPFLAGS）和链接器标志（LDFLAGS、库路径和其他库）

当我包含pnetcdf，并将hdf5 include目录的路径添加到cppfaglass，将hdf5 lib目录的路径添加到mpi库，并将-lmpi添加到LDFLAGS时，我遇到了与您相同的问题

以下是一个命令中的所有内容：

CPPFLAGS="-I/usr/local/pnetcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/mpi/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/pnetcdf/lib -L/usr/local/mpi/lib -lmpi" ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-pnetcdf

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在netcdf自述文件中，建议同时指定包含路径（CPPFLAGS）和链接器标志（LDFLAGS、库路径和其他库）

当我包含pnetcdf，并将hdf5 include目录的路径添加到cppfaglass，将hdf5 lib目录的路径添加到mpi库，并将-lmpi添加到LDFLAGS时，我遇到了与您相同的问题

以下是一个命令中的所有内容：

CPPFLAGS="-I/usr/local/pnetcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/mpi/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/pnetcdf/lib -L/usr/local/mpi/lib -lmpi" ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-pnetcdf