Configuration 使用Snakemake CLI将可变长度数组声明为配置值

我有一个Snakemake工作流，其中一个顶级配置条目是一个大小可变的数组（在这个特定示例中，分析中可能包括也可能不包括同级）。目前我正在使用以下配置文件

{
    "case": "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.proband.bam",
    "controls": [
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.mother.bam",
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.father.bam"
    ]
}

我知道snakemake允许在命令行上使用

--config

标志指定配置选项。由于

大小写

值是单个字符串，因此在命令行上执行此操作非常简单。但是

控件

值呢？是否可以将数组/值列表作为命令行上的配置选项之一传递

是否可以将数组/值列表作为命令行上的配置选项之一传递

我怀疑这是直接可能的，但您可以传递一个带引号的空格字符串（或逗号或其他）分隔值，并将其拆分为Snake文件中的列表：

snakemake -C controls='control1 control2 ...'

controls= config['controls'].split(' ')

然后在蛇形文件中：

snakemake -C controls='control1 control2 ...'

controls= config['controls'].split(' ')

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另一种解决方案是在命令行上像这样传递变量

snakemake --config case=proband.bam control1=mother.bam control2=father.bam

…然后在Snake文件中动态解析配置设置。例如，与正则表达式

control\d+

匹配的任何配置键都对应于一个控件示例

所以这是可能的，但是有点长，配置文件可能是更好/更干净的选项