C++ 逐行同时读取两个文件

我想逐行同时阅读两个

FASTA

文件。我有以下代码逐行读取一个文件

#include <iostream>
#include <fstream>

int main( int argc, char **argv ){
    if( argc <= 1 ){
        std::cerr << "Usage: "<<argv[0]<<" [infile]" << std::endl;
        return -1;
    }

    std::ifstream input(argv[1]);
    if(!input.good()){
        std::cerr << "Error opening '"<<argv[1]<<"'. Bailing out." << std::endl;
        return -1;
    }

    std::string line, name, content;
    while( std::getline( input, line ).good() ){
        if( line.empty() || line[0] == '>' || line[0] == '@' ){ // Identifier marker
            if( !name.empty() ){ // Print out what we read from the last entry
                std::cout << name << " : " << content << std::endl;
                name.clear();
            }
            if( !line.empty() ){
                name = line.substr(1);
            }
            content.clear();
        } else if( !name.empty() ){
            if( line.find(' ') != std::string::npos ){ // Invalid sequence--no spaces allowed
                name.clear();
                content.clear();
            } else {
                content += line;
            }
        }
    }
    if( !name.empty() ){ // Print out what we read from the last entry
        std::cout << name << " : " << content << std::endl;
    }

    return 0;
}

注意：我不想一次读取文件1的所有行，然后再读取文件2的所有行。我想要一行来自file1，一行来自file2，第二行来自file1，第二行来自file2，依此类推

更新

file1

@r0/1
TATTCTTCCGCATCCTTCATACTCCTGCCGGTCAG
AAA
+
EDCCCBAAAA@@@@?>===<;;9:99987776554678
@r1/1
TGATAGATCTCTTTTTTCGCGCCGACATCTACGCC
+
EDCCCBAAAA@@@@?>===<;;9:99987776554
@r2/1
CACGCCCTTTGTAAGTGGACATCACGCCCTGAGCG
+
EDCCCBAAAA@@@@?>===<;;9:99987776554

但如果线路不同，这就行不通了。阅读后的句子看起来像

@r0/1 TATTCTTCCGCATCCTTCATACTCCTGCCGGTCAGAAA+EDCCCBAAAA@@@@?>===<;;9:99987776554678

---

@r0/1 TATTCTTCCGCATCCTTCATACTCCTGCCGGTCAGAAA+EDCCCBAAAA@@？>==尽管通过文件摘录更容易判断您需要哪种解析。我刚刚下载了这个文件
Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromose.22.fa
，格式如下：

22 dna：染色体：GRCh38:22:1:50818468:1参考文献
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
CTGGTCTTGACTCCTGACTCAGTGATCCCACTCCGCCTCCCAAACTGCTAGAA
TTACAGGCGTGAGCACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCATATAAAACATCTACCA
GGGCTCGCGCTCCAGCTCCAAGCCTTCTCACTTCTGAGAGAGACAGTCTCTCAGACT

由于文件中的第一行是唯一的，并且没有出现两次，所以我只是删除了它，而不是编写代码来解析它。但是，如果您的项目需要它存在，我将包括一个函数来完成它

因此，您需要做的第一件事是实际读取文件。因为我们知道条目是统一的，所以我们不需要使用
getLine（）或任何花哨的东西。有两种方法可以做到这一点，这取决于你期望得到什么

第一种方法，如果您需要从两个文件中读取，直到其中一个文件到达末尾：

void readLine(string path1, string path2){
    ifstream inOne(path1);
    ifstream inTwo(path2);  

    while( !inOne.eof() & !inTwo.eof() ){
        string strOne, strTwo;

        inOne>>strOne;  
        inTwo>>strTwo;

        cout<<"1 "<<strOne<<endl;
        cout<<"2 "<<strTwo<<endl;
    }
}

然后，您可能希望将每个字符存储在一个c字符串中，或者附加一个常规字符串。另外，不要忘记在使用
inOne.close（）完成每个流之后关闭它

UPD.

只要行中没有空格，您仍然可以对提供的文件使用此代码，因为提取器
iostream
将它们视为分隔符，因此将它们视为新行

但是，如果您需要确保分隔符不会影响有序提取，请使用我包含的最后一段代码
ios:：binary
将阻止格式化，因此您不会丢失任何字符，并且您将能够准确地知道何时移动到新行。它可能看起来像：

void readLine(string path1, string path2){
    ifstream inOne(path1, ios::in | ios::binary);
    ifstream inTwo(path2, ios::in | ios::binary);   

    while( !inOne.eof() | !inTwo.eof() ){
        string strOne, strTwo;

        strOne=readLineBin(inOne);
        strTwo=readLineBin(inTwo);

        cout<<"1 "<<strOne<<endl;
        cout<<"2 "<<strTwo<<endl;
    }
}

string readLineBin(ifstream& in){
    string line="";

    char ch=0;
    while(ch != '\n' & !in.eof()){
        in.get(ch);
        line+=ch;
    }
    return line;
}

void readLine（字符串路径1、字符串路径2）{
ifstream inOne（路径1，ios:：in | ios:：binary）；
ifstream inTwo（路径2，ios:：in | ios:：binary）；
而（！inOne.eof（）|！inTwo.eof（））{
字符串strOne，strTwo；
strOne=readLineBin（inOne）；
strTwo=readLineBin（inTwo）；
您可以在现有声明下面声明另一个
std:：ifstream
，例如
std:：ifstream输入（argv[2]）；
如果文件可能有不同的行数，您需要修改while循环。@Bernard这将如何工作？输入
argv[1]或argv[2]中会有什么内容
@AwaitedOne:好吧，假设您传递了两个参数，那么您将得到第一个和第二个参数。检查
argc
以了解有多少个参数。（
argv[0]
按惯例是您的程序名）@MSalters我已经更新了我的问题，请关注上面的更新。谢谢你的回答。如果行与上面的更新不同，该怎么办。@等待我在原始回答中添加了一行，但每行都不是完整的（顺序+整体质量）一起，它分布在许多行上。@waitiedone你想让它们看起来像这样吗？
@r0/1 tattcttccgcatccttcctcagaaa+EDCCCBAAAA@@@？>====@waitiedone然后在
readLinebin（）中用
-/code>替换
-/code>
。这将生成所需的行，但是您将丢失
@
，但我认为这并不重要。注意：由于文本文件以
@
开头，第一行可能是空字符串。此外，由于保留了新行字符，您希望在其中包含一个代码，以空格替换它
@r0/1 TATTCTTCCGCATCCTTCATACTCCTGCCGGTCAGAAA+EDCCCBAAAA@@@@?>===<;;9:99987776554678

void readLine(string path1, string path2){
    ifstream inOne(path1);
    ifstream inTwo(path2);  

    while( !inOne.eof() & !inTwo.eof() ){
        string strOne, strTwo;

        inOne>>strOne;  
        inTwo>>strTwo;

        cout<<"1 "<<strOne<<endl;
        cout<<"2 "<<strTwo<<endl;
    }
}

    while( !inOne.eof() | !inTwo.eof() ){
        string strOne, strTwo;

        if(!inOne.eof())
            inOne>>strOne;  
        if(!inTwo.eof())
            inTwo>>strTwo;

        cout<<"1 "<<strOne<<endl;
        cout<<"2 "<<strTwo<<endl;
    }

void readFirst(string path){

    ifstream inOne(path, ios::in | ios::binary); //ORed bitfield to get unformatted binary
    char ch=0;

    while(ch != '\n'){
        inOne.get(ch);
        cout<<ch<<endl;

    }

}

void readLine(string path1, string path2){
    ifstream inOne(path1, ios::in | ios::binary);
    ifstream inTwo(path2, ios::in | ios::binary);   

    while( !inOne.eof() | !inTwo.eof() ){
        string strOne, strTwo;

        strOne=readLineBin(inOne);
        strTwo=readLineBin(inTwo);

        cout<<"1 "<<strOne<<endl;
        cout<<"2 "<<strTwo<<endl;
    }
}

string readLineBin(ifstream& in){
    string line="";

    char ch=0;
    while(ch != '\n' & !in.eof()){
        in.get(ch);
        line+=ch;
    }
    return line;
}