C++ 在C++；

我有两个FASTA文件：

file1.fasta

>foo
ATCGGGG
>bar
CCCCCC

file2.fasta

>qux
ATCGGAAA

我现在要做的是将它们连接到一个文件中，结果是：

>foo
ATCGGGG
>bar
CCCCCC
>qux
ATCGGAAA

因此，保留以“>”开头的每个序列的名称。 目前，我下面的代码将该名称替换为索引，即：

>0
ATCGGGG
>1
CCCCCC
>0
ATCGGAAA

修改下面代码的正确方法是什么

#include <iostream>
#include <vector>
#include <fstream>
#include <sstream>
#include<stdio.h>
#include<string>
using namespace std;
#define MAX_LINE_SIZE 1024

int mk_joint_file(char *ctrlFile, char *tgtFile, char *outFile){

  char s[MAX_LINE_SIZE];

  FILE *ofp = fopen(outFile,"w");
  FILE *cfp = fopen(ctrlFile,"r");
  FILE *tfp = fopen(tgtFile,"r");


  //  char *p;
  int flg=false;
  int line=0;
  while(fgets(s,MAX_LINE_SIZE,cfp) != NULL){
      if(s[0]=='>'){
          flg=true;
          fprintf(ofp,">%d\n",line);
          line++;
      }else{
          if(flg==true){
              fprintf(ofp,"%s",s);
          }
          flg=false;
      }
  }

  flg=false;
  line=0;
  while(fgets(s,MAX_LINE_SIZE,tfp) != NULL){
      if(s[0]=='>'){
          flg=true;
          fprintf(ofp,">%d\n",line);
          line++;
      }else{
          if(flg==true)
              fprintf(ofp,"%s",s);
          flg=false;
      }
  }

  fclose(cfp);
  fclose(tfp);
  fclose(ofp);


  return(0);
}

int main(int argc, char **argv)
{
    string ifname_control = argv[1];
    string ifname_target = argv[2];
    string ofname = "newjoin.txt";
    mk_joint_file((char *)ifname_control.c_str(), (char *)ifname_target.c_str(), (char *)ofname.c_str());

}

#包括
#包括
#包括
#包括
#包括
#包括
使用名称空间std；
#定义最大行大小1024
int mk_联合文件（char*ctrlFile、char*tgtFile、char*outFile）{
字符s[最大行大小]；
文件*ofp=fopen（输出文件，“w”）；
文件*cfp=fopen（ctrlFile，“r”）；
文件*tfp=fopen（tgtFile，“r”）；
//char*p；
int flg=假；
内线=0；
while（fgets（s，MAX_LINE_SIZE，cfp）！=NULL）{
如果（s[0]=='>'）{
flg=真；
fprintf（ofp，“>%d\n”，行）；
line++；
}否则{
如果（flg==真）{
fprintf（ofp，“%s”，s）；
}
flg=假；
}
}
flg=假；
直线=0；
while（fgets（s，最大线尺寸，tfp）！=NULL）{
如果（s[0]=='>'）{
flg=真；
fprintf（ofp，“>%d\n”，行）；
line++；
}否则{
如果（flg==真）
fprintf（ofp，“%s”，s）；
flg=假；
}
}
fclose（cfp）；
全要素生产率；
fclose（ofp）；
返回（0）；
}
int main（int argc，字符**argv）
{
字符串ifname_control=argv[1]；
字符串ifname_target=argv[2]；
name=“newjoin.txt”的字符串；
mk_joint_文件（（char*）ifname_control.c_str（），（char*）ifname_target.c_str（），（char*）of name.c_str（）；
}

这比仅仅更改这些行难吗

fprintf(ofp,">%d\n",line);

到

---

把第29行和第40行换成

---

fprintf（ofp，“%s”，s）
您需要为此编写程序吗？可以从命令行/shell连接两个文本文件。在Windows命令提示符下，您可以只说
copy file1.fasta+file2.fasta newjoin.txt
。
// TODO check fgets() handling of EOL - may not need the \n
fprintf(ofp, %s\n", s);