C++ Rcpp能否取代R中的unif功能?
我刚刚开始在R中使用C++ Rcpp能否取代R中的unif功能?,c++,r,rcpp,C++,R,Rcpp,我刚刚开始在R中使用Rcpp软件包,我的学习灵感来自Hadley Wickham的高级R课程 在R studio中,我有以下.cpp文件。这个问题更一般,但这个例子有帮助 #include <Rcpp.h> using namespace Rcpp; // [[Rcpp::export]] NumericVector runifC(int n, double min=0, double max=1) { NumericVector out(n); for(int i =
Rcpp
软件包,我的学习灵感来自Hadley Wickham的高级R课程
在R studio中,我有以下.cpp文件。这个问题更一般,但这个例子有帮助
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector runifC(int n, double min=0, double max=1) {
NumericVector out(n);
for(int i = 0; i < n; ++i) {
out[i] = min + ((double) rand() / (RAND_MAX)) * (max - min);
}
return out;
}
/*** R
library(microbenchmark)
microbenchmark(
'R unif-1' = runif(1),
'C++ unif-1' = runifC(1),
'R unif-100' = runif(100),
'C++ unif-100' = runifC(100),
'R unif-1000' = runif(1000),
'C++ unif-1000' = runifC(1000),
'R unif-100000' = runif(100000),
'C++ unif-100000' = runifC(100000)
)
*/
<>我希望<>代码> RunIv/Cuth>是一个非常优化的函数,但是C++代码运行得更有效。在这里我可能是天真的,但是如果性能有如此不同,那么为什么所有的应用函数都不能用C++重写呢?p>
看起来很明显,有很多改进的可能,我觉得好像我错过了一个巨大的原因,为什么不把所有的R函数都盲目地复制到C++中去执行。p>
< > > >编辑< /强>:对于这个例子,已经显示了
rand()
函数。其他函数的性能似乎没有那么剧烈,所以我更改了问题的名称 从R-3.1.1开始,runif
使用.External
接口复制其参数。Luke Tierney将此更改为在中的R-devel中使用.Call
接口。.Call
接口不复制其参数。Rcpp使用.Call
接口
<>你的C++代码在R DEVEL下仍然更快(使用<代码>。这可能是因为所使用的随机数生成器存在差异。而且,R的函数通常比您编写的任何专用代码都有更多的检查;这些检查需要时间。请不要使用
rand()
。如果你提交了你的包裹,那么这样做也会使你的包裹从CRAN上脱落
有关警告,请参见eg:
注释
对于生成的随机序列的质量没有任何保证。在过去,rand()的一些实现在生成的序列的随机性、分布和周期方面存在严重缺陷(在一个众所周知的示例中,低阶位只是在调用之间在1和0之间交替)
如果您对备用随机数生成器和计时感兴趣,请参阅
一般来说,使用R提供的生成器,这些生成器具有出色的统计质量,并且由Rcpp以标量和矢量形式(“Rcpp Sugar”)提供。随机数状态的存储和检索可能会出现问题;我不知道
rand()。R的RNG被认为更好,即“更随机”。你的另一个例子很愚蠢。你已经知道你的runif
函数比R快,那么为什么你要在cumsum
基准测试的计时中包含这一点呢?@cantdutchthis一般来说,不要相信你读到的所有东西。这真的是对“Rcpp可以替换R中的所有(或许多)函数”问题的回答吗?(顺便说一句,我本以为答案只是“是的”)在“只要你不做任何愚蠢的事情,比如调用rand()
”的感觉中。但这实际上只是重申了图灵等价性。
Unit: nanoseconds
expr min lq mean median uq max neval
R unif-1 2061 2644.5 4000.71 3456.0 4297.0 15402 100
C++ unif-1 710 1190.0 1815.11 1685.0 2168.5 5776 100
R unif-100 4717 5566.5 6794.14 6563.0 7435.5 16600 100
C++ unif-100 1450 1997.5 2663.29 2591.5 3107.0 5307 100
R unif-1000 28210 29584.5 31310.54 30380.0 31599.0 52879 100
C++ unif-1000 8292 8951.0 10113.78 9462.5 10121.5 25099 100
R unif-100000 2642581 2975117.0 3104580.62 3030938.5 3119489.0 5435046 100
C++ unif-100000 699833 990924.0 1058855.49 1034430.5 1075078.0 1530351 100