Database 使用R的数据库的建议

我使用R来运行使用时间序列数据的模拟。我一直在使用数组来存储数据，但我需要一个内存密集度较低的解决方案，用于在中间步骤存储数据，以便记录过程。我不是一个程序员，所以如果可能的话，我想在多个平台（Windows、Mac、Linux）上安装一些相对容易的东西。我还需要能够直接从R调用数据库，因为现在学习另一种语言是不可行的。理想情况下，我希望能够以类似于数组的方式频繁地读写数据库，尽管我不知道这是否现实。我很乐意牺牲速度来提高易用性，但我愿意努力学习开源解决方案。如有任何建议，将不胜感激

我还需要能够直接 从R调用数据库

我建议使用RMySQL接口设置MySQL

DB连接打开后，您可以查询数据库并将数据输入R，例如：

# Run an SQL statement by creating first a resultSet object
rs <- dbSendQuery(con, statement = paste(
                      "SELECT w.laser_id, w.wavelength, p.cut_off",
                      "FROM WL w, PURGE P",
                      "WHERE w.laser_id = p.laser_id",
                      "SORT BY w.laser_id")
# we now fetch records from the resultSet into a data.frame
data <- fetch(rs, n = -1)   # extract all rows

#通过首先创建resultSet对象来运行SQL语句
快速评论：


R擅长于此，作为一种数据编程语言，有很多接口
有一个完整的数据库专门用于数据导入/导出，它有一个，所以从这里开始
R有广泛使用的软件包，它为许多后端提供了统一的接口，其中包括SQLite、MySQL、PostgreSQL、Oracle。。。用它，也许可以让事情快速进行。之后您仍然可以切换后端
还有一个问题，但我觉得使用ODBC很乏味
R在Paul Gilbert的包中还有一个专门的变体，它将类似DBI的抽象引入timeseries数据库。它还支持多个后端
这个包就是为此而写的，它在索引和聚合方面非常快
您真的需要一个数据库解决方案来满足您的需求吗？您说您想要一个“在中间步骤存储数据的解决方案”——简单地在所需的时间点将数据数组保存到磁盘上如何

编辑：为了能够检索信息，您可以在文件名中嵌入元信息，例如试用索引和/或时间戳。然后，您可以使用正确的文件名找到并加载该文件。
您还可以查看该软件包。
对于单个用户，RSQLite更易于安装且速度相当快。感谢您提供的代码示例Bakkal。这将用于单个用户。对于这个应用程序，使用MySQL而不是SQLite有什么好处吗？对于当前的任务，您可以使用最简单的DB，如果缺少一个有用的特性，可以稍后再使用更完整的DB：）对于RSQLite，它的代码是相同的——请参阅我关于两个包使用的DBI接口的答案。n使用MySQL。我每天使用R和MySQL进行模拟工作。一开始可能需要做很多工作，但从长远来看，学习曲线是完全值得的，因为数据的大小和复杂性必然会随着时间的推移而增长。我对R比较陌生，但这似乎会生成数百个文件，并且在我完成后很难进行审核。每次运行模拟都需要创建几个三维阵列，我一次只能运行大约5000个模拟。我目前的目标是跑50000次。如果有更好的方法将三维阵列存储到磁盘，并在以后以系统的方式读取其结果，我当然会感谢您的指导。感谢您提供的资源。到目前为止，SQLite看起来最适合我的技能水平。嗯，看起来DBI死于2009年。有什么更新的吗？@SteveBennett:没有，它还活着，而且是最新的，但自2009年以来，没有进行过与之不同的错误修复。正如我所写的，DBI只是一个接口。版本为0.2-5。如果一个bug被发现，有人会突然修复它，这似乎是极不可能的。（对我来说，这是一个很好的理由，不必在这条路上投入时间和精力。）你不知道自己在说什么。DBI坚如磐石，已经问世十多年了——RSQLite、RMySQL、RPostgreSQL、ROracle每天都在使用它。