“Docker原因”；其中一个命令以非零退出代码退出；请注意，snakemake使用bash严格模式&引用；用蛇毒

我在试着用snakemake操作一个docker集装箱。作业运行并产生正确的输出，但当它们完成时，我得到

(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

snakemake试图删除这些文件

我尝试调试的东西：

• 将

  | | true

  、

  set+u

  或

  exit 0

  添加到规则中的shell命令

• 运行

  --printshellcmds

  中显示的命令（它们运行正常）

• 将docker命令放在bash脚本中的“strict”模式下查看 如果有任何问题（没有）

• 打印实际出口 规则的

  shell:

  命令中的代码，它将打印0

• 运行直接在容器中调用的R脚本 从蛇机（它工作良好）

• 将

  --user$（id-u）：$（id-g）

  添加到此处建议的docker运行命令：。这 失败，因为容器中的R脚本无处可写 容器中不正确存在作为当前用户的中间文件

以下是蛇形文件规则：

rule run_biospyder:
    input: 
        counts = "{dir}/{name}_counts.csv",
        metadata = "{dir}/{name}_metadata.csv",
    output: directory("{dir}/{name}_output")
    params: 
        dockervol = "/usr/src/data"
    shell:
        """
        docker run \
        -v $PWD:{params.dockervol} biospyderpipeline \
        --config-file {params.dockervol}/config.yml \
        --counts {params.dockervol}/{input.counts} \
        --samples {params.dockervol}/{input.metadata} \
        --output {params.dockervol}/{output} \
        --name {wildcards.name}
        """

---

映射卷时，此问题是docker权限问题。问题似乎是由于容器内部以root用户身份运行（我正在开发），snakemake试图将

.snakemake\u timestamp

作为我的当前用户写入映射卷（由root用户拥有）的输出目录

我设法用以下方法修复了它：

---

入口点处的shell脚本创建具有相同id的用户，并运行与该用户相同的任何命令。这意味着映射的卷内容归用户所有，Snakemake可以在运行结束时写入。这也不会修复docker build中的用户id，因此任何人都可以使用它。

映射卷时，该问题是docker权限问题。问题似乎是由于容器内部以root用户身份运行（我正在开发），snakemake试图将

.snakemake\u timestamp

作为我的当前用户写入映射卷（由root用户拥有）的输出目录

我设法用以下方法修复了它：

入口点处的shell脚本创建具有相同id的用户，并运行与该用户相同的任何命令。这意味着映射的卷内容归用户所有，Snakemake可以在运行结束时写入。这也不会修复docker构建中的用户id，因此任何人都可以使用它