Docker 文件存在于Singularity容器中，但在执行时不会产生此类文件错误

尽管能够看到容器中的文件，但我无法在

Singularity-s exec

上找到它

首先，我们将构建映像并研究Python脚本的位置

fasta_generate_regions.py

：

$ sudo docker pull alice0812ki/freebayes
$ sudo docker run -it --entrypoint /bin/bash alice0812ki/freebayes
root@ae2f1c94be30:/# find . -name "fasta_generate_regions.py"
./usr/local/bin/fasta_generate_regions.py
./usr/local/pkgs/freebayes-1.3.2-py27h49fb759_2/bin/fasta_generate_regions.py

当我使用HPC时，我需要使用

Singularity

，所以让我们先为它构建一个图像

$ sudo singularity build freebayes.sif docker://alice0812ki/freebayes:latest

现在，通过只运行命令的第一部分（注意：您不需要任何输入文件来解决此问题），您可以看到，在查找Python脚本时，出现了一个

无此类文件或目录的错误：

$singularity-s exec freebayes.sif freebayes parallel似乎是这样的：对于要从容器中执行的每个脚本，都需要在其前面加上
singularity
调用
exec

因此，它看起来像：

singularity -s exec freebayes.sif freebayes-parallel \
     <(singularity -s exec fasta_generate_regions.py ... )

singularity-s exec freebayes.sif freebayes并行\
您似乎试图在主机上而不是在容器内运行
fasta\u generate\u regions.py
<代码>
singularity -s exec freebayes.sif freebayes-parallel \
     <(singularity -s exec fasta_generate_regions.py ... )