Download 使用biopython从蛋白质数据库下载pdb时出错

一些PDB不能使用biopython从PDB下载，尽管它们存在于PDB中。它会产生错误。此代码用于下载无法下载的pdb（2j8e），但可用于其他pdb

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.PDB import PDBList
>>> pdbdownload = PDBList()
>>> pdbid = '2j8e'
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid)
Downloading PDB structure '2j8e'...

Traceback (most recent call last):
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory

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这是一个错误。有人遇到过这个问题吗？

很抱歉，该文件不存在！亲自看看：

该目录中没有pdb2j8e.ent.gz。如果您尝试下载2j8f或任何其他id，您将毫无问题地获得它

该文件已过时，可以从中检索。使用Biopython，您可以：

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)