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Function 在Rmd中运行timeseries绘图函数，生成杂乱的x轴标签（测试代码中不存在）

function for-loop

Function 在Rmd中运行timeseries绘图函数，生成杂乱的x轴标签（测试代码中不存在）,function,for-loop,ggplot2,r-markdown,ggthemes,Function,For Loop,Ggplot2,R Markdown,Ggthemes,我有一个xx.csv timeseries文件夹，我想将其绘制成一个干净的HTML文档。我有一个ggplot代码，它使用单个timeseries.csv生成我想要的绘图。但是，当我尝试将ggplot代码的骨架放入for循环中的函数中，通过该函数运行每个timeseries.csv文件时，我得到了一些格式完全不同的绘图 使用我的测试ggplot代码生成的绘图： 使用函数和for循环生成的绘图： 我试图对丑陋的Rmd图进行更改： 将x轴刻度线精确地间隔为整分钟（即“11:14:00”、“11:

我有一个xx.csv timeseries文件夹，我想将其绘制成一个干净的HTML文档。我有一个ggplot代码，它使用单个timeseries.csv生成我想要的绘图。但是，当我尝试将ggplot代码的骨架放入for循环中的函数中，通过该函数运行每个timeseries.csv文件时，我得到了一些格式完全不同的绘图

使用我的测试ggplot代码生成的绘图：

使用函数和for循环生成的绘图：

我试图对丑陋的Rmd图进行更改：

  • 将x轴刻度线精确地间隔为整分钟（即“11:14:00”、“11:15:00”）
  • 连接数据点（使用子Bing
    geom_线（）
    和
    geom_路径（）
    解决）
下面是Rmd代码示例请注意生成的图形仍然有很好的格式，我不确定如何重现这个问题，比如发布500行数据帧。我也不知道如何在不使用本文中的格式化命令的情况下发布我的rmd代码，因此我在标题格式化和代码末尾添加了
“
中的第3个以禁用它

编辑和更新

  • 我得到一个持续错误
    geom_path:每个组只包含一个观察值。您需要调整组吗
美学？
  • 正如评论者所建议的，我尝试删除plot（），直接使用createChlDiffPlot（）并用print（）替换plot（）。两者都会产生与以前相同的丑陋的绘图
  • 将geom_线（）替换为geom_路径（）。点现在已连接！x轴混乱仍然存在
  • 时间变量的读数为
    hms
    num
非常感谢您在这方面的帮助

```
---
title: "Chl Filtration"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    theme: yeti
    orientation: rows
editor_options: 
  chunk_output_type: console
---

```{r setup}
library(flexdashboard)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(hms)
library(ggthemes)
library(readr)
library(data.table)

#### Example Data
df1 <- data.frame(Time = as_hms(c("11:22:33","11:22:34","11:22:35","11:22:38","11:23:00","11:23:01","11:23:02")),
                  Chl_ug_L_Up = c(0.2,0.1,0.25,-0.2,-0.3,-0.15,0.1),
                  Chl_ug_L_Down = c(0.5,0.4,0.3,0.2,0.1,0,-0.1))
df2 <- data.frame(Time = as_hms(c("08:02:33","08:02:34","08:02:35","08:02:40","08:02:42","08:02:43","08:02:49")),
                  Chl_ug_L_Up = c(-0.2,-0.1,-0.25,0.2,0.3,0.15,-0.1),
                  Chl_ug_L_Down = c(-0.1,0,0.1,0.2,0.3,0.4,0.1))

data_directory = "./" # data folder in R project folder in the real deal
output_directory = "./" # output graph directory in R project folder
write_csv(df1, file.path(data_directory, "SO_example_df1.csv"))
write_csv(df2, file.path(data_directory, "SO_example_df2.csv"))

#### Function to create graphs
createChlDiffPlot = function(aTimeSeriesFile, aFileName, aGraphOutputDirectory, aType)
{  
  aFile_Mod = aTimeSeriesFile %<>%
    select(Time, Chl_ug_L_Up, Chl_ug_L_Down) %>% 
    mutate(Chl_diff = Chl_ug_L_Up - Chl_ug_L_Down)

  one_plot = ggplot(data = aFile_Mod, aes(x = Time, y = Chl_diff)) + # tried adding 'group = 1' in aes to connect points 
    geom_path(size = 1, color = "green") + 
    geom_point(color = "green") +
    theme_gdocs() +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
          legend.title = element_blank()) +
    labs(x = "", y = "Chl Difference", title = paste0(aFileName, " - ", "Filtration"))

  one_graph_name = paste0(gsub(".csv", "", aFileName), "_", aType, ".pdf")
  ggsave(one_graph_name, one_plot, dpi = 600, width = 7, height = 5, units = "in", device = "pdf", aGraphOutputDirectory)
  return(one_plot)

}
"``` ### remove the quotes when running example
Plots - After Velocity Adjustment
=====================================" ### remove quotes when running example

```{r, fig.width=13.5, fig.height=5}

all_files_Filtration = list.files(data_directory, pattern = ".csv")

# Loop to plot function
for(file in 1 : length(all_files_Filtration))
{

  file_name = all_files_Filtration[file]

  one_file = fread(file.path(data_directory, file_name))

  # plot the time series agains
  plot(createChlDiffPlot(one_file, file_name, output_directory, "Velocity_Paired"))

}
"``` #remove quotes when running example
```

```
---
标题：“Chl过滤”
输出：
flexdashboard:：flex_仪表板：
主题：雪人
方向：行
编辑器选项：
块输出类型：控制台
---
```{r设置}
库（flexdashboard）
图书馆（dplyr）
图书馆（GG2）
图书馆（hms）
图书馆（主题）
图书馆（readr）
库（数据表）
####示例数据

我终于明白了

1） 将
geom_line（）
替换为
geom_path（）
连接在Rmd中渲染时的数据点

2） 
df1$Time
被格式化为
difftime
对象。当我在全局环境中查看数据帧时，
Time:
hms
num 11:11:09…
。这让我觉得我的格式还可以，但当我运行
class（df1$Time）
时，我得到了
[1]“hms”difftime“
。通过快速的谷歌搜索，我发现
difftime
对象与
hms
不完全相同，我最初的时间是通过减去时间生成的。我在mutate函数中添加了一个转换：


    select(Time, Chl_ug_L_Up, Chl_ug_L_Down) %>% 
    mutate(Chl_diff = Chl_ug_L_Up - Chl_ug_L_Down,
           Time = as_hms(Time)) # convert difftime objecct to hms 



我认为ggplot对hms变量有一些自动格式化，这就是为什么difftime变量会产生丑陋拥挤的x轴
 为什么使用
plot（）
打印
ggplot
对象？您可以使用
print（）
或直接调用
createChlDiffPlot（）
请尝试print（）命令。这通常有助于在循环中生成多个绘图。我尝试删除
plot（）
，直接使用
createChlDiffPlot（）
并将
plot（）
替换为
print（）
。两者都产生了和以前一样丑陋的情节。我有一个之前没有提到的持续性错误（这些尝试仍然会显示）：
geom_路径：每个组只包含一个观察值。您需要调整团队美学吗？
谢谢您的想法，还有其他可能性吗？@Tung我正在修改其他人编写的脚本。我最终发现我需要用
plot（）
包装
createChlDiffPlot（）
函数，因为我正在使用
flexdashboard
包生成一个HTML来显示我的所有图形。[