Functional programming 哪些函数式编程语言具有生物信息学库?
哪些函数式编程语言具有易于获得的生物信息学库 (不包括多范式语言,例如) 更新:列出目前无法轻松访问生物信息学库的主要函数式编程语言也很受欢迎。Functional programming 哪些函数式编程语言具有生物信息学库?,functional-programming,bioinformatics,Functional Programming,Bioinformatics,哪些函数式编程语言具有易于获得的生物信息学库 (不包括多范式语言,例如) 更新:列出目前无法轻松访问生物信息学库的主要函数式编程语言也很受欢迎。 Biohaskell存在: Scala倡导者提到他们可以使用BioJava: 你认为R是一个功能性的而不是多范式的语言吗? 如果是这样,R拥有最大的生物信息学库。CRAN中有许多模块,但这正是您要寻找的。它是一个活跃的社区,大多数图书馆都发表在同行评议期刊上 注意:我认为除了perl、python和C/C++和Java中的一些小的努力之外,没有其他编
- Biohaskell存在:
- Scala倡导者提到他们可以使用BioJava:
你认为R是一个功能性的而不是多范式的语言吗? 如果是这样,R拥有最大的生物信息学库。CRAN中有许多模块,但这正是您要寻找的。它是一个活跃的社区,大多数图书馆都发表在同行评议期刊上
注意:我认为除了perl、python和C/C++和Java中的一些小的努力之外,没有其他编程语言有好的生物信息学库。最好维护的、通用的、特定于语言的生物信息学库由:BioPerl、Biopython、BioJava、BioRuby和BioLib(C++)支持。这些库非常方便,即使您希望使用其他语言编写脚本,也可以轻松地使用其中一种语言编写脚本 正如Andrew指出的,您可以使用BioJava和基于JVM的函数式语言,如Scala或Clojure
比其他语言更新,但它与SWIG配合良好,因此任何其他语言都可以链接它。Haskell有一个很好的FFI,因此您可以尝试将其与Biolib和NCBI工具包库一起使用——这些可能比BioHaskell维护得更好。相反,用Haskell编写程序非常方便,因此,自己提供任何缺少的功能往往比试图理解其他人晦涩的命令代码更容易
尽管Eric对我的维护技巧(嘿,你知道的,补丁已经被接受)表示不满,但我认为Haskell是一个很好的生物信息学平台,让用户编写简洁高效的代码。为我工作 我已经开始了第一个严肃的项目,其中包括./doc中的教程和设计理念。此外,我还在blog.thebird.nl上解释使用Scala进行生物信息学。BioScala正在进行中。由于您可以同时使用Scala中的BioJava和BioRuby,很快就可以使用BioLib,因此您可以开始运行。再加上
BioRuby
,对于那些不在BioRuby
核心的包,您有了biogem
,因此您有更多的包。R还对函数式编程有一些基本的支持。请参见?过滤器作为示例。apply
函数族在R数据分析中经常使用,而且似乎直接来自函数范式。必须对MATLAB的生物信息学工具箱给予一定的赞扬: