git分支交换和子模块

我有两个分支，

master

和

secondary

，它们通过合并

master=>secondary定期保持同步。

有一次，

master

有几个子模块被删除，相同的子模块被重新添加

我现在正试图将

主

合并到

辅助

中，但每当我尝试从

主

切换到

辅助

，我都会在被覆盖的子模块上收到以下错误消息：

warning: unable to rmdir libs/AFNetworking: Directory not empty
warning: unable to rmdir libs/MBProgressHUD: Directory not empty
Branch secondary set up to track remote branch secondary from origin.
Switched to a new branch 'secondary'

“主”分支开始时如下所示：

git clone repourl:master.git
cd project_directory
git submodule update --init <= in master at the moment
git checkout secondary

git克隆repourl:master.git
cd项目目录
git子模块更新--init我不确定，但听起来像是那些目录，其中一个分支中没有git，但另一个分支中没有。我怎么知道它们不是哪个分支的一部分？