Graph 基于起始节点和终止节点的子图提取

我必须问这个问题，因为我不确定这是困难还是容易。我想在igraph中提取一个子图，但有以下绑定：从

Viridiplantae-3

到

Proteobacteria-2

（见图）

我可以从shortest.path（）中找到路径，但我不确定如何基于节点列表提取子图。因为shortest.path不包括

Proteobacteria-1

和

Proteobacteria-2

。我不想包括

100.2

：

Viridiplantae-1

，

Viridiplantae-2

和

68.1

：

Stramenopiles-1

，

Rhodophyta-1

简而言之，给定

植物绿-3

和

变形菌-2

，我想提取红色的所有东西

可复制说明：

library(ape)

library(igraph)

cat("(((Viridiplantae_1:1.22123006e-06,Viridiplantae_2:1.22123006e-06)100.2:0.9709833387,Viridiplantae_3:1.217705775)100.1:1.394125713,((Proteobacteria_1:0.2479324862,Proteobacteria_2:0.4385740351)100.3:0.696357212,(Rhodophyta_1:1.675875775,Stramenopiles_1:1.869948709)68.1:0.48853466)52.1:0.2231628399,Proteobacteria_3:0.8491431473);", file = "testTree.tre", sep = "\n")

cur_Tree <- read.tree("testTree.tre")

cur_Tree$node.label[1] <- "root" 

cur_Grph <- as.igraph(cur_Tree)

库（ape）
图书馆（igraph）
10.2:0.979833387，3:0.979833387，3:1.21777575775，3:1.217775775）100.1:1:1.777，3:1.217775775）100.1:100.1:1.1:1.1:1.1:1.394125713，，，，，（（（蛋白质细菌（蛋白质细菌（蛋白质细菌）1:1:0.24791:0.247.2473939393939393249324932472727272727224242424242，蛋白质细菌，蛋白质细菌，蛋白质细菌（2:2:2.4385858585858585743535351）100）100.3）100.3:100.3:100.3:0.3:3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:0.3:=“testTree.tre”，sep=“\n”）
cur_Tree请包含一个可复制的示例，包括数据和代码。请看，我添加了代码块，将树转换为图形。我实际上不清楚带圆圈的部分是如何定义的。你能正确定义它吗？带圆圈的部分是一个子图，包含节点Viridiplante-3和节点之间最短路径中的节点d Proteobacteria-2，以及最短路径内节点的邻居。不，这不是一个好的定义。这还包括
100.2
和
68.1
。