为什么我的grep命令输出--&引用；在一些字里行间？

我这里有一个类似于测试文件的fasta文件：

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 1:N:0:GCCAAT
CCTAGCACCATGATTTAATGTTTCTTTTGTACGTTCTTTCTTTGGAAACTGCACTTGTTGCAACCTTGCAAGCCATATAAACACATTTCAGATATAAGGCT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 2:N:0:GCCAAT
AAAACATAAATTTGAGCTTGACAAAAATTAAAAATGAGCCCAGCCTTATATCTGAAATGTGTTTATATGGCTTGCAAGGTTGCAACAAGTGCAGTTTCCAA
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 1:N:0:GCCAAT
ATATTTGAATTATCAGAAATAAACACAAAGAAAACCTAGAACAGATAATTTCTTCCACATTATTGATCAGATACAGATTTCAAGGGTACCGTTGTGAATTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 1:N:0:GCCAAT
CTTACTTTGCCTCTCTCAGCCAATGTCTCCTGAGTCTAATTTTTTGGAGGCTAAGCTATGAGCTAATGATGGGTTCCATTTGGGGCCAATGCTTCAGCCTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

当我键入一个简单的grep命令时，如：

grep -B1 "CTT" test.fasta

我得到一个非常奇怪的输出，其中“-”有时被放置在grep hit上方的换行符上，如下所示：

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
--
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

---

我不明白为什么一些fasta条目有这个，而其他条目没有。当我移除-B1时，我没有遇到这个问题。我可以用

grep-v”--“

语句从我的文件中删除这些行，但我真的很想了解这里发生了什么

您使用

-B1

选项请求一行前导上下文。这意味着grep将同时显示匹配的行和它前面的行。每个匹配项将由

--

单独一行分隔，如下所示：

$ man grep | grep -B1 context
     -A num, --after-context=num
             Print num lines of trailing context after each match.  See also
--
     -B num, --before-context=num
             Print num lines of leading context before each match.  See also
--
     -C[num, --context=num]
             Print num lines of leading and trailing context surrounding each
--
     --context[=num]
             Print num lines of leading and trailing context.  The default is

在每个匹配之间看不到

--

的原因是上下文仅显示在连续匹配序列的上方。因此，请参见以下示例：

seq 13 | grep -B1 1
1
--
9
10
11
12
13

---

seq命令生成1到13之间的所有数字。只有第一行和从10开始的行包含1，因此您可以在其自己的组中看到1，然后是

--

，然后是单行上下文，然后是连续匹配行组。

GREP\u COLORS

GREP手册页的部分说：

指定用于高亮显示输出的各个>部分的颜色和其他属性。它的值是以冒号分隔的列表 默认为 ms=01；31:mc=01；31:sl=：cx=：fn=35:ln=32:bn=32:se=36，带rv和 忽略了ne布尔函数功能（即，false）

及

se=36
SGR子串，用于插入 选定行字段（：），上下文行字段之间，（-）和 当上下文为非零时，相邻行组之间 指定（--）。默认情况下，屏幕上方的青色文本前景 终端的默认背景

考虑sample.txt文件：

$cat sample.txt
ABBB
AAB
AAB
S
S
S
AABB
ABAA
BAA
CCC
$grep -B2 'AAB' sample.txt
ABBB
AAB
AAB
--
S
S
AABB

---

这里

--

是

grep

告诉您

--

之前的

AAB

和

--

之后的

S

不是实际文件中的相邻行。

谢谢@chthonicdaemon，我感到困惑的是，为什么只有一些匹配项用

--

分隔，而其他匹配项则不是

--

只有在存在非连续匹配项时才会放入。我将更新我的答案。冒着陈述显而易见的风险，您可以使用eg

grep-B1“CTT”test.fasta | grep-v^--

删除匹配间分隔符。