Grep 如何计算或查看序列中的未知奇数字符?

Grep 如何计算或查看序列中的未知奇数字符?,grep,sequence,Grep,Sequence,我有用于Linux教程的序列数据,我必须完成这样的活动。(是否有任何包含非核苷酸的序列(A、C、G、T或N以外的序列)?我必须查找与常规碱基不同的字符。我知道我要查找的字符在那里,因为我运行命令查找奇数字符“N/N”,并看到其他奇数字符 grep -v $'sequence' filename.fasta | grep -i $'n' 输出: GAGGnCGATCCTGAACTCGTGGAGGAGCCAGTAGTGTGGC PGQLMNARXNDSPGCGGCTTTTTGCCTCAGTGAA

我有用于Linux教程的序列数据,我必须完成这样的活动。(是否有任何包含非核苷酸的序列(A、C、G、T或N以外的序列)?我必须查找与常规碱基不同的字符。我知道我要查找的字符在那里,因为我运行命令查找奇数字符“N/N”,并看到其他奇数字符

grep -v $'sequence' filename.fasta |  grep -i $'n'
输出:

GAGGnCGATCCTGAACTCGTGGAGGAGCCAGTAGTGTGGC
PGQLMNARXNDSPGCGGCTTTTTGCCTCAGTGAATCTCTG
CGCTAGAATGCTTGTTAATNCCGTTTGCTGTAAACCTAAC
所以我现在知道除了n/n之外还有其他的奇数字符,问题是我们的命令会在序列中捕捉到这些奇数字符(奇数是指不是A,T,G,C,n的字符)

这是我使用Linux的第一周,请友善一点

如何计数或查看序列中的未知奇数字符?
(奇数是指不是A、T、G、C、N的字符)

要对这些字符进行grep,可以使用否定的:
。|grep'[^ACGTN]'

要查看这些彩色字符,可以使用
…|grep--color'[^ACGTN]'

要计算包含此类字符的行数,您可以使用
。|grep-c'[^ACGTN]'

要计算所有这些字符,您可以使用
。|grep-o'[^ACGTN]'|wc-l

,请在问题中添加示例输入(无说明、无图像、无链接)和该示例输入的所需输出(无评论)。