grep只返回第三列,但返回整行
我只想在第三栏中用“6-1”开头的字母来表示问题。所以像“6-1*blahblah”这样的东西应该被捕获,我希望整条线都被输出。我想知道这个的正确语法是什么 一行示例输入将包括:grep只返回第三列,但返回整行,grep,Grep,我只想在第三栏中用“6-1”开头的字母来表示问题。所以像“6-1*blahblah”这样的东西应该被捕获,我希望整条线都被输出。我想知道这个的正确语法是什么 一行示例输入将包括: hg19_gold_AL122127.6-109525 0 1-18*anc 1 18 65S185M * 0 0 GAGAAACCAGGCCAGTCATGTGAGACTTCACCCACTCCTGTGTCCTCTCCACAGGTGCCCACTCCCAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGG
hg19_gold_AL122127.6-109525 0 1-18*anc 1 18 65S185M * 0 0 GAGAAACCAGGCCAGTCATGTGAGACTTCACCCACTCCTGTGTCCTCTCCACAGGTGCCCACTCCCAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACACCTTTACCAGCTATGGTATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCGCTTACAATGGTAACACAAACTATGCACA ?????@<BBDB@EDDDFGCG+FIFHIHHHFD>HIHII>AHHIIF5IHHHGIHDFEFHHGHHHHHIIFIDIGBAHIBHDH=BHIHG;IHHHFHF+HIHIIHDHGFI=H=H=FGG?FH7HHCHGGHGHHGDHFADEGFG2GFD@GGGGGBGCGEEGF*EGAGGFCFEFFGGFC0E;GCGEGCEFEFAEEGEE0EEGGECGGAGFEEEG?GCEHHHHF*ECF?G<FGEGFGAGGEEEEAGA8GE?GGEC?EGF AS:i:37
hg38_gold_AC246787.2-87811 16 6-1*anc 259 2 47M203S * AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB????? AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:47 YT:Z:UU
如果使用
awk
,可以执行以下操作:
awk '$3~/^6-1/' file
hg38_gold_AC246787.2-87811 16 6-1*anc 259 2 47M203S * AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB????? AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:47 YT:Z:UU
它只会得到第三个字段以
6-1
开头的行。请发布样本输入和样本输出。。
awk '$3~/^6-1/' file
hg38_gold_AC246787.2-87811 16 6-1*anc 259 2 47M203S * AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB????? AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:47 YT:Z:UU