Image 去除精子尾部的污渍_Image_Matlab_Image Processing_Shapes_Smoothing

Image 去除精子尾部的污渍

image matlab image-processing

Image 去除精子尾部的污渍,image,matlab,image-processing,shapes,smoothing,Image,Matlab,Image Processing,Shapes,Smoothing,我试图得到精子细胞的边界，它的边缘应该是光滑的。然而，尾巴上有一个小斑点。我想知道是否有什么方法可以去除它们，得到一个平滑的精子边界？附件是我执行的图和一些代码（MATLAB） I = imread('asd3.png'); gray = rgb2gray(I); I = adapthisteq(gray); [counts,~] = imhist(I,6); T = otsuthresh(counts); BW = imbinarize(I,T); BW2 = bwareaopen(~BW,3

我试图得到精子细胞的边界，它的边缘应该是光滑的。然而，尾巴上有一个小斑点。我想知道是否有什么方法可以去除它们，得到一个平滑的精子边界？附件是我执行的图和一些代码（MATLAB）

I = imread('asd3.png');
gray = rgb2gray(I);
I = adapthisteq(gray);
[counts,~] = imhist(I,6);
T = otsuthresh(counts);
BW = imbinarize(I,T);
BW2 = bwareaopen(~BW,300);
imshow(BW)
figure
subplot(221),imshow(original)
subplot(222),imshow(gray)
subplot(223),imshow(BW)
subplot(224),imshow(BW2)

我将得到如下数字：

我能把这个数字提高到以下吗

主要问题是噪音的质量相当大。要删除此体量，我使用了骨架图像：

BW = bwmorph(BW,'skel',inf);

这将使你的精子细胞成为一个树状结构，主干现在是这棵树中最长的连接路径。为了找到这一点，我使用Brett Scholeson的函数，您可以找到（或者您可以自己创建）。我发现，为了使最长线的检测更加健壮，最好先稍微加厚所有内容。因此，我们以

I = imread('sperm.png');
BW1 = ~imbinarize(rgb2gray(I)); %Make the spermcell "true"

%Find backbone
BW2 = bwmorph(BW1,'thicken',5);
[BW3,~] = longestConstrainedPath(BW2,'thinOpt','Skel');

现在我们只需要重建这个主干周围的精子细胞，用形态学方法很容易找到头部

head = imopen(BW1,strel('disk',10,0));

而尾巴是通过扩张脊骨发现的

%Thicken backbone
stats = regionprops(BW1-head,'Area');
area = stats.Area;
len = sum(BW3(:));
stem = imdilate(BW3,strel('disk',floor(0.5*area/(2*len)),0));

其中，扩张量为原始尾部的厚度，可近似为尾部面积除以长度。虽然由于人工制品的原因，这太厚了，但我估计一半的区域是尾巴，另一半是人工制品

因为我们有头部和尾部，所以可以通过将它们相加并反转来找到整个单元

sperm = ~(stem+head);

给

注意：假设您希望获得更高的准确性

1）最长路径不是完全正确的路径，因为它选择了错误的端点，这可能通过移除杂散来改善

2）我使用了尽可能简单的重建方法，假设尾巴的宽度相等。这可能是改进我做更多的测量原始图片