Java 无法读取NetCDF结构变量数组子范围

我有一个从HDF5文件中检索的NCDF结构，我正在尝试使用Java NetCDF 4.3.16库读取数组变量的子范围。我发现变量如下：

Variable netCDFVariable = netCDFFile.findVariable("/group/struct.var");

此时，如果需要，我可以读取整个变量：

netCDFArray = netCDFVariable.read();

但假设变量是长度为10的整数数组，我只想读取索引3、4、5、6和7的子范围：

Section section=new Section(new int[]{3}, new int[]{5});
netCDFArray = netCDFVariable.read(section);

但是这里的

Variable.read（Section）

抛出一个

InvalidRangeException

。通过跟踪代码，变量检查自己的内部

形状

变量，该变量恰好是

[]

，并发现该变量无效

---

那么为什么变量没有合适的

形状

？我必须先读取变量才能得到正确的形状吗？（这当然不能满足一开始就试图读取子范围的目的。）

从NetCDF 4.3.17开始，

Variable.read（）

和

Variable.read（Section）

的实现在读取结构数组的成员时有很大的不同，两者都不遵循API文档。下面我将介绍一种解决方法

为了举例说明，假设我有以下内容：

Structure {
  int foo;
    :_Unsigned = "true";
  int bar;
    :_Unsigned = "true";
} example(24);

这是一个名为结构的

example

的24元素数组，每个结构包含两个成员，

foo

和

bar

。假设我得到了对

foo

成员的引用，如下所示：

final Variable fooVariable = netcdfFile.findVariable("/blah/example.foo");

如果我调用

fooVariable.read（）

，API文档会说我将返回第一个值，因为

foo

是数组中元素结构的一部分。事实并非如此；相反，库实际上进行了一些巧妙的读取，并将所有结构中的

foo

成员作为

foo

值的单个数组返回。这是我想要的行为

不幸的是，

fooavariable.read（Section）

实现没有与

fooavariable.read（）

相同的智能代码位，而是编写为抛出一个

不支持操作异常。（由于缺少一个附加的检查，代码甚至没有走那么远，抛出了一个
InvalidRangeException
，因为它认为给定的
节
无效。这是一个遗憾，因为（一旦添加了一个检查以避免
InvalidRangeException
）变量中的聪明代码。read（）

实现对于

变量同样有效。读取（部分）

只需在一行上插入一个方法参数

使用

Variable.read（）中的智能代码

我创建了一个解决此问题的方法，允许调用者请求包含任何变量的数组部分。如果该变量是数组中某个结构的成员，则只读取该成员的子范围，从而有效地创建了另一个版本的

fooavariable.read（section）

方法，该方法与结构成员的

fooVariable.read（）具有相同的行为：

  /**
   * Reads an array of data from the provided NetCDF variable. If the variable is a member of a structure, that member is read
   * from all the structures in the array and returned as a single array containing that member from each structure.
   * @param variable The NetCDF variable to read.
   * @param section The section indicating the element of the array to read
   * @param indexEnd The ending source index, exclusive, or -1 if all available values should be read.
   * @return An array representing the requested range of values read for the given variable.
   * @throws IOException if there is an error reading the data.
   */
  public static Array readArray(final Variable variable, final Section section) throws IOException, InvalidRangeException {
    if (variable.isMemberOfStructure()) { //if the variable is member of a structure
      final Structure parentStructure = variable.getParentStructure().select(variable.getShortName()); //select just the member variable
      final ArrayStructure arrayStructure = (ArrayStructure) parentStructure.read(section); //read the array of structures
      return arrayStructure.extractMemberArray(arrayStructure.findMember(variable.getShortName())); //extract just the member into an array
    } else { //if the variable is not a member of a structure
      return variable.read(section); //just read the section directly from the variable
    }
  }

我用报告了这个问题（现在识别为NRW-974703）。起初，我被告知这些方法不适用于HDF5，只适用于Unidata自己的NetCDF文件格式。（这完全不正确。）然后我被告知我不理解Java NetCDF API（虽然从前面的回答中我问了一个问题，到底是谁缺乏对Unidata库的了解）。在追踪具体问题代码并提供上述解决方法后，我还没有收到Unidata的回复