如何使用Java或clojure中的ImageJ进行批处理？

我想用ImageJ对几千张图像进行一些处理

有没有一种方法可以将任何通用的imageJ插件自动应用于数百张图像

例如，假设我想拍摄上千张图像，并对每一张图像应用极坐标变换---

ImageJ的极坐标转换插件可在以下位置找到：

太好了！让我们使用它。发件人：

我发现我可以使用以下方法应用插件：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")))

这是很好的，因为它会抑制对话框，否则每个图像都会弹出对话框。但是运行它总是会打开一个包含转换图像的窗口，而我只想返回转换后的图像

做我想做的最愚蠢的方法就是关闭弹出的窗口并返回它显示的图像

做我想做的，但绝对是弱智：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")
    (let [return-image (IJ/getImage)]
      (.hide return-image)
      return-image)))

我显然缺少了一些关于如何在编程环境中使用imageJ插件的内容。 有人知道这样做的正确方法吗

谢谢，

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--罗伯特·麦金太尔（Robert McIntyre）

不幸的是，ImageJ插件在编写时通常不考虑编程用途，而且在不更改插件代码的情况下，也没有一种优雅的方法来解决这个问题。（您已经发现有一些不令人满意的方法：））因此，在您的位置上，我将以以下方式更改

Polar_Transformer.java

中的代码：

。。。这与中建议的思路大致相同，但仍试图对原始代码进行最小的更改。然后，您只需创建PlugIn对象并在其上调用

exec（…）

，提供所需的选项。（我还没有真正测试过这个补丁，但你知道了。）

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我希望这能有所帮助——我知道你的问题是很久以前的事了，所以我猜你可能同时找到了其他解决办法。

这非常有用，也是一个很好的解释。我把这个项目搁置一边，并将很快返回，所以答案仍然是相关的。谢谢