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网络分析期间出现Cytoscape错误-java.lang.exception？

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我第一次尝试使用Cytoscape和ANIMO应用程序，但我遇到了麻烦，并且被卡住了。任何帮助都将不胜感激

我使用的是简单的测试网络（2-3个节点），但当我尝试分析网络时，我会得到一个反复出现的错误。如果我从shell运行Cytoscape，我会得到以下结果：

karaf@Cytoscape 3.7.2()> SLF4J: Failed to load class "org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder".
SLF4J: Defaulting to no-operation (NOP) logger implementation
SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#StaticLoggerBinder for further details.


animo.core.analyser.AnalysisException: Error during analysis: <pre>java.lang.Exception: [/Users/Carla/CytoscapeConfiguration/3/karaf_data/tmp/ANIMO7219678590825060215.xml] Verify result: 134
 empty result
HTTP/1.1 400 Bad Request
Date: Wed, 04 Mar 2020 16:48:28 GMT
Server: Apache/2.4
Content-Length: 226
Connection: close
Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML 2.0//EN">
<html><head>
<title>400 Bad Request</title>
</head><body>
<h1>Bad Request</h1>
<p>Your browser sent a request that this server could not understand.<br />
</p>
</body></html>

 (current directory: /Applications/Cytoscape_v3.7.2/framework/.)

    at animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSMC.analyze(UppaalModelAnalyserSMC.java:666)
    at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.performNormalAnalysis(RunAction.java:141)
    at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.run(RunAction.java:312)
    at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.innerRun(JDialogTaskManager.java:321)
    at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.run(JDialogTaskManager.java:352)
    at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
</pre>
    at animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSMC.analyze(UppaalModelAnalyserSMC.java:683)
    at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.performNormalAnalysis(RunAction.java:141)
    at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.run(RunAction.java:312)
    at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.innerRun(JDialogTaskManager.java:321)
    at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.run(JDialogTaskManager.java:352)
    at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
Caused by: java.lang.Exception: [/Users/Carla/CytoscapeConfiguration/3/karaf_data/tmp/ANIMO7219678590825060215.xml] Verify result: 134
 empty result
HTTP/1.1 400 Bad Request
Date: Wed, 04 Mar 2020 16:48:28 GMT
Server: Apache/2.4
Content-Length: 226
Connection: close
Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML 2.0//EN">
<html><head>
<title>400 Bad Request</title>
</head><body>
<h1>Bad Request</h1>
<p>Your browser sent a request that this server could not understand.<br />
</p>
</body></html>

 (current directory: /Applications/Cytoscape_v3.7.2/framework/.)

    at animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSMC.analyze(UppaalModelAnalyserSMC.java:666)
    ... 9 more
我检查了Mac上的防火墙选项，Cytoscape设置为“允许传入连接”。我是一个生物学的使用者，所以我不知道如何继续

非常感谢你的帮助

CM

感谢别列佐夫斯基的建议。仅供参考，如果有人也在挣扎，作者（Stefano Schivo）建议了一个有效的解决方案。解决方案是使用ANIMO、UPPAAL和Cytoscape的旧版本。下面是一起工作的版本

细胞景观3.4.0

Java 1.8.0_151

阿尼莫3.4.0

UPPAAL 4.1.19

谢谢，CM

谢谢别列佐夫斯基的建议。仅供参考，如果有人也在挣扎，作者（Stefano Schivo）建议了一个有效的解决方案。解决方案是使用ANIMO、UPPAAL和Cytoscape的旧版本。下面是一起工作的版本

细胞景观3.4.0

Java 1.8.0_151

阿尼莫3.4.0

UPPAAL 4.1.19

谢谢，CM

4xx错误表示网络连接正常，服务器拒绝了您的请求：请确保您正在运行最新版本的ANIMO2插件。traceroute失败：尝试在不需要代理的网络上运行它，否则请确保它已配置。除非您希望在您的计算机上运行服务器并允许其他人访问，否则您不需要允许传入连接。最有可能的情况是，你应该向ANIMO2开发人员提交一个bug，或者使用Fiddler之类的工具来查找bug并帮助ANIMO2修复它，这很可能是由于Cytoscape API的更改。如果你对所有这些都没有耐心，你可以试着运行Cytoscape 3.4，因为它是ANIMO的最后一个版本（请参阅发布历史）.谢谢你的建议。关于不需要连接，您是对的，但即使我更改了设置，它也会尝试连接。我查过了，我也有最新版本的阿尼莫。我也试着运行Cytoscape 3.4，但我得到了完全相同的错误。。。我也会尝试联系开发人员。4xx错误意味着网络连接正常，服务器拒绝了您的请求：确保您正在运行最新版本的ANIMO2插件。traceroute失败：尝试在不需要代理的网络上运行它，否则请确保它已配置。除非您希望在您的计算机上运行服务器并允许其他人访问，否则您不需要允许传入连接。最有可能的情况是，你应该向ANIMO2开发人员提交一个bug，或者使用Fiddler之类的工具来查找bug并帮助ANIMO2修复它，这很可能是由于Cytoscape API的更改。如果你对所有这些都没有耐心，你可以试着运行Cytoscape 3.4，因为它是ANIMO的最后一个版本（请参阅发布历史）.谢谢你的建议。关于不需要连接，您是对的，但即使我更改了设置，它也会尝试连接。我查过了，我也有最新版本的阿尼莫。我也试着运行Cytoscape 3.4，但我得到了完全相同的错误。。。我也会尝试联系开发者。 
Target Cytoscape version: 3.7.2
Your shell is bash
Compatible OS version found: 10.14
 - Pass: OS Version = 10.14.6
 - Pass: Following Oracle JDK found:

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_151.jdk
 - Pass: Current Java Version = 1.8.0_151
 - Pass: JAVA_HOME found: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_151.jdk/Contents/Home
Checking connection to Cytoscape App Store...
5 packets transmitted, 0 packets received, 100.0% packet loss
Looks connection to App Store is unstable.
Please check firewall setting from System Preference.
traceroute result:
traceroute to apps.cytoscape.org (52.34.133.210), 64 hops max, 52 byte packets
 1  172.27.109.254 (172.27.109.254)  1.542 ms  1.095 ms  1.026 ms
 2  …