R CMD javareconf未找到jni.h

我正试图在一个基于debian（jessie）和Anaconda的docker容器中安装rJava

作为根，我做到了

$ apt-get update  && apt-get install -y --no-install-recommends \
  default-jdk default-jre libicu-dev 

然后

它看起来不像是

javareconf

找到了它。而且，如果我看一下我可以用javareconf设置的所有变量，比如JAVA_HOME，我看不到设置JNI cpp标志的能力，这需要正确的include

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我在互联网上看到过这个问题，但没有解决方案。

R正在寻找不同的位置：

detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux

我也遇到过类似的问题，但安装jdk后一切都很好：

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

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有同样的问题。通过指定Java文件夹的路径进行修复。简单地说，在安装Java之后，您可能会得到这样一行代码

update-alternatives: using /usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar to provide /usr/bin/jar (jar) in auto mode

在调用javareconf时，我将该路径指定为JAVA_HOME参数，如下所示

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar

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希望这是有用的

我通过编辑java配置文件解决了这个问题

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconf

set the correct JAVA_HOME in this row:
: ${JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk-9.0.1}

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我已经在Ubuntu18.04上安装了Java 11，但必须按照以下指南安装jdk-11.0.1：

然后我在javaconf中更改了JAVA_HOME，就像@Spanska Forteva一样

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconfIn javaconf 

我发现到旧版本java的路径仍然被指定

## Versions from settings when configure was run
: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}
: ${JAVA_CPPFLAGS=~autodetect~}
: ${JAVA_LD_LIBRARY_PATH=~autodetect~}
: ${JAVA_LIBS=~autodetect~}

我将JAVA_HOME的路径更改为新安装的jdk：

: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk-11.0.1}

然后使用指定的jni.h路径运行CMD：

sudo R CMD javareconf /usr/lib/jvm/jdk-11.0.1/include/jni.h

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最后一位可能不需要，它应该能够在该文件夹中查找，但这就是我所做的。

也有同样的问题，最终可以解决它。经过大量的搜索，这对我很有效（我基本上遵循了这里的指南：）：

• 下载JDK（jdk1.8.0_201）并将其解包到/usr/java/
• 下载JRE（jre1.8.0_201）并将其解包到/usr/java/（不确定是否需要此步骤，但我在以前解决此问题的尝试中已完成此步骤）
• 使用合适的版本通知Ubuntu新的java

为此，我跑了：

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javac" "javac" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javaws" "javaws" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws" 1

接

$ sudo update-alternatives --set java /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java

$ sudo update-alternatives --set javac /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac

$ sudo update-alternatives --set javaws /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws

然后，我终于可以在中的备选方案中看到我的java

sudo update-alternatives --config java

我选择了新安装的java。然后我跑了

 sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/

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在其中，我再次明确地指定了我的javajdk路径。成功完成后，我能够在Rstudio中安装rJava，我需要安装glmulti。

在我的情况下，我必须运行rJava

R CMD javareconf

正如

su

，只是

sudo

不起作用。

我不确定这里是否已经确认了答案，但我想让大家看看安德鲁·科利尔（Andrew Collier）的这篇文章

他建议：

（1）更新所有存储库

sudo apt更新-y

（2）确保安装了JRE和JDK 8

sudo apt安装-y openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

（3）然后，正如许多用户已经说过的，将R指向java，并带有指向JDK 8的显式路径

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/JAVA-8-openjdk-amd64/

只要特定的Java包在/include目录中具有所有必要的编译内容，它就没有太大关系

user@laptop：~$ls/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/
classfile_constants.hjdwptransport.hjvmticmlr.hlinux
jawt.hjni.hjvmti.h

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关于这方面的更多信息，我建议您正确定位/编译此目录。

哇，在浏览了3个小时的R、Java、rJava和macOS问题之后，这节省了我的时间。。。我已经导出了我的JAVA_HOME，但是当我调用R CMD javareconf时，它仍然使用不同的路径。使用JAVA 8，以下命令对我有效：

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/adoptopenjdk-8-hotspot-amd64

。（我曾经在Debian10Buster上安装Java8）。如果先检查是否安装了jdk，但没有正确引用，可能会有重复，请参见DamianoFantini的回答。如果不是你的方式很有价值，谢谢！

 sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/

R CMD javareconf