通过数组优化的Java循环

我有一些Java代码，运行方式完全符合预期，但它需要一些时间-几秒钟-即使作业只是在数组中循环

输入文件是一个Fasta文件，如下图所示。我使用的文件是2.9Mo，还有一些其他Fasta文件可能会占用20Mo

在代码中，我试图以三个一组的方式循环，例如：AGC TTT TCA。。。等等，代码现在没有功能传感器，但我想要的是将每个氨基酸附加到它的等效碱基串中。例如：

AGC-Ser/CUG Leu/。。。等

那么代码有什么问题？有没有办法做得更好？有优化吗？在整个字符串中循环需要一些时间，可能只需要几秒钟，但需要找到更好的方法

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;

public class fasta {
    public static void main(String[] args) throws IOException {

        File fastaFile;
        FileReader fastaReader;
        BufferedReader fastaBuffer = null;
        StringBuilder fastaString = new StringBuilder();

        try {
            fastaFile = new File("res/NC_017108.fna");
            fastaReader = new FileReader(fastaFile);
            fastaBuffer = new BufferedReader(fastaReader);
            String fastaDescription = fastaBuffer.readLine();
            String line = fastaBuffer.readLine();

            while (line != null) {
                fastaString.append(line);
                line = fastaBuffer.readLine();
            }

            System.out.println(fastaDescription);
            System.out.println();
            String currentFastaAcid;

            for (int i = 0; i < fastaString.length(); i+=3) {
                currentFastaAcid = fastaString.toString().substring(i, i + 3);
                System.out.println(currentFastaAcid);
            }

        } catch (NullPointerException e) {
            System.out.println(e.getMessage());
        } catch (FileNotFoundException e) {
            System.out.println(e.getMessage());
        } catch (IOException e) {
            System.out.println(e.getMessage());
        } finally {
            fastaBuffer.close();
        }

    }

}

导入java.io.BufferedReader；
导入java.io.File；
导入java.io.FileNotFoundException；
导入java.io.FileReader；
导入java.io.IOException；
公共类fasta{
公共静态void main（字符串[]args）引发IOException{
文件fastaFile；
文件阅读器；
BufferedReader fastaBuffer=null；
StringBuilder fastaString=新建StringBuilder（）；
试一试{
fastaFile=新文件（“res/NC_017108.fna”）；
fastaReader=新文件读取器（fastaFile）；
fastaBuffer=新的缓冲读取器（fastaReader）；
字符串fastaDescription=fastaBuffer.readLine（）；
String line=fastaBuffer.readLine（）；
while（行！=null）{
fastaString.append（行）；
line=fastaBuffer.readLine（）；
}
System.out.println（fastaDescription）；
System.out.println（）；
串电流快速酸；
对于（int i=0；i

如果您卸下

System.out.println(currentFastaAcid);

在for循环中，您将获得相当长的时间

如果移除

System.out.println(currentFastaAcid);

---

在for循环中，您将获得相当长的时间

这里的一个重要因素是，每次调用一个新字符串上的子字符串

相反，在stringbuilder上直接使用子字符串

for (int i = 0; i < fastaString.length(); i+=3){
    currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);
    System.out.println(currentFastaAcid);
}

for（int i=0；i

此外，不是每次都打印currentFastaAcid，而是将其保存到列表中，并在末尾打印此列表

List<String> acids = new LinkedList<String>();

for (int i = 0; i < fastaString.length(); i+=3){
    currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);
    acids.add(currentFastaAcid);
}

System.out.println(acids.toString());

List=newlinkedlist（）；
对于（int i=0；i

这里的一个重要因素是，每次调用一个新字符串上的子字符串

相反，在stringbuilder上直接使用子字符串

for (int i = 0; i < fastaString.length(); i+=3){
    currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);
    System.out.println(currentFastaAcid);
}

for（int i=0；i

此外，不是每次都打印currentFastaAcid，而是将其保存到列表中，并在末尾打印此列表

List<String> acids = new LinkedList<String>();

for (int i = 0; i < fastaString.length(); i+=3){
    currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);
    acids.add(currentFastaAcid);
}

System.out.println(acids.toString());

List=newlinkedlist（）；
对于（int i=0；i

除了调试输出之外，您的主要问题当然是，在循环的每次迭代中，您都在使用从文件中完全读取的数据创建一个新字符串：

currentFastaAcid = fastaString.toString().substring(i, i + 3);

---

toString（）将在每次迭代中给出相同的结果，因此是多余的。把它放到循环之外，你肯定会在运行时节省一些时间。

除了调试输出之外，你的主要问题肯定是，在循环的每次迭代中，你都在用从文件中完全读取的数据创建一个新字符串：

currentFastaAcid = fastaString.toString().substring(i, i + 3);

currentFastaAcid = fastaString.toString().substring(i, i + 3);

toString（）将在每次迭代中给出相同的结果，因此是多余的。把它放到循环之外，你肯定会在运行时节省一些时间

currentFastaAcid = fastaString.toString().substring(i, i + 3);

请替换为

currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);

StringBuilder的toString方法每次调用它时都会创建String对象的新实例。它仍然包含所有大字符串的副本。如果直接从StringBuilder调用子字符串，它将返回子字符串的一个小副本。 如果您真的不需要System.out.println，也可以删除它

请替换为

currentFastaAcid = fastaString.substring(i, i + 3);

StringBuilder的toString方法每次调用它时都会创建String对象的新实例。它仍然包含所有大字符串的副本。如果直接从StringBuilder调用子字符串，它将返回子字符串的一个小副本。

---

如果您真的不需要System.out.println，也可以将其删除。

除了串行代码中建议的优化之外，我还将使用并行处理来进一步减少时间。如果您有一个非常大的文件，您可以将读取文件和处理读取行的工作分为不同的线程。这样，当一个线程忙于从大文件中读取下一行时，另一个线程可以处理读取的行并在控制台上打印它们。

除了串行代码中建议的优化外，我还将进行并行处理以进一步减少时间。如果您有一个非常大的文件，您可以将读取文件和处理读取行的工作分为不同的线程。这样，当一个线程忙于从大文件中读取下一行时，另一个线程可以处理读取的行并在控制台上打印它们。

我不知道，为什么花费的时间比预期的要长，我唯一能做的就是