Java 有人用过pubchemdb吗?有类似的API吗?

Java 有人用过pubchemdb吗?有类似的API吗?,java,api,ncbi,pubchem,Java,Api,Ncbi,Pubchem,更新:答案中的链接既有趣又有用,但不幸的是,它没有满足java API的需求,因此我仍然期待任何输入。 我正在建立一个化合物数据库。我需要所有同义词(IUPAC和通用名称)以及每个同义词的安全数据。 我将使用PubChem免费提供的数据(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) 有一种简单的方法可以使用简单的HTTP GET查询每个化合物。例如,要获取甘油数据,URL为: http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.c

更新:答案中的链接既有趣又有用,但不幸的是,它没有满足java API的需求,因此我仍然期待任何输入。

我正在建立一个化合物数据库。我需要所有同义词(IUPAC和通用名称)以及每个同义词的安全数据。
我将使用PubChem免费提供的数据(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)

有一种简单的方法可以使用简单的HTTP GET查询每个化合物。例如,要获取甘油数据,URL为:

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=753
以下URL将返回易于解析的格式:

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=753&disopt=DisplaySDF
但它只会回应非常基本的信息,缺乏安全数据,只有几个常见的名字

有一个用于JAVA的公共域API似乎是一个非常完整的API,由Scripps()的一个小组开发。代码是

不幸的是,这个API没有很好的文档记录,而且由于涉及的数据的复杂性,很难遵循。 对于我收集的信息,pubchemdb正在使用

是否有人使用过此API(或任何其他可用API)?如果能给我一个简短的介绍或教程,我将不胜感激

The(免费学术/教育用途)具有完整的PubChem集成。使用脚本环境,您可以轻松地执行以下操作

cactvs>ens create 753 ens0 cactvs>ens get ens0 E_NAMESET PROPANE-1,2,3-TRIOL GLYCEROL 8043-29-6 29796-42-7 30049-52-6 37228-54-9 75398-78-6 78630-16-7 8013-25-0 175385-78-1 25618-55-7 64333-26-2 56-81-5 {Tegin M} LS-1377 G8773_SIGMA 15523_RIEDEL {Glycerin, natural} NCGC00090950-03 191612_ALDRICH 15524_RIEDEL {Glycerol solution} L-glycerol 49767_FLUKA {Biodiesel impurity} 49770_FLUKA 49771_FLUKA NCGC00090950-01 49927_FLUKA Glycerol-Gelatine G7757_SIAL GOL D-glycerol G9012_SIAL {Polyhydric alcohols} c0066 MOON {NSC 9230} G2025_SIGMA ZINC00895048 49781_FLUKA {Concentrated glycerin} {Concentrated glycerin (JP15)} D00028 {Glycerin (JP15/USP)} 44892U_SUPELCO {Glycerin, concentrated (JAN)} CRY 49782_FLUKA NCGC00090950-02 G6279_SIAL W252506_ALDRICH G7893_SIAL {Glycerin, concentrated} 33224_RIEDEL Bulbold Cristal Glyceol G9281_SIGMA Glycerol-1,2,3-3H G1901_SIGMA G7043_SIGMA 1,2,3-trihydroxypropane 1,2,3-trihydroxypropanol glycerin G2289_SIAL G9406_SIGMA {Glycerol-[2-3H]} CHEBI:17754 Glyzerin Oelsuess InChI=1/C3H8O3/c4-1-3(6)2-5/h3-6H,1-2H {90 Technical glycerine} Dagralax {Glycerin, anhydrous} {Glycerin, synthetic} Glycerine Glyceritol {Glycyl alcohol} Glyrol Glysanin NSC9230 Ophthalgan Osmoglyn Propanetriol {Synthetic glycerin} {Synthetic glycerine} Trihydroxypropane Vitrosupos {WLN: Q1YQ1Q} Glycerol-1,3-14C {4-01-00-02751 (Beilstein Handbook Reference)} AI3-00091 {BRN 0635685} {CCRIS 2295} {Caswell No. 469} {Citifluor AF 2} {Clyzerin, wasserfrei [German]} {EINECS 200-289-5} {EPA Pesticide Chemical Code 063507} {FEMA No. 2525} {Glicerina [DCIT]} {Glicerol [INN-Spanish]} {Glycerin (mist)} {Glycerin [JAN]} {Glycerin mist} {Glycerine mist} Glycerinum {Glycerolum [INN-Latin]} Grocolene {HSDB 492} IFP {Incorporation factor} 1,2,3-Propanetriol C00116 Optim {Propanetriol (VAN)} {1,2,3-PROPANETRIOL, HOMOPOLYMER} {Glycerol polymer} {Glycerol, polymers} {HL 80} {PGL 300} {PGL 500} {PGL 700} Polyglycerin Polyglycerine Polyglycerol {Unigly G 2} {Unigly G 6} G5516_SIGMA MolMap_000024 cactvs> cactvs>ens创建753 ens0 cactvs>ens获取ens0 E_名称集 丙烷-1,2,3-三醇甘油8043-29-6 29796-42-7 30049-52-6 37228-54-9 75398-78-6 78630-16-7 8013-25-0 175385-78-1 25618-55-7 64333-26-2 56-81-5{泰金M}LS-1377 G8773{西格玛15523{里代尔{甘油,天然}NCGC000909003 191612{奥尔德里奇15524{里代尔}甘油溶液}甘油}49770-氟利昂49771-氟利昂NCGC00090950-01 49927-氟利昂甘油凝胶G7757-唾液酸葡萄糖D-甘油G9012-多元醇c0066-月亮-NSC 9230-G205-西格玛锌C00895048-49781-氟利昂浓甘油(JP15)D00028-甘油(JP15/USP)44892U-苏佩尔科浓甘油(JAN){CRY 49782_FLUKA NCGC00090950-02 G6279_SIAL W252506_ALDRICH G7893_SIAL{甘油,浓缩}33224_RIEDEL Bulbold Crystal Glyceol G9281_SIGMA甘油-1,2,3-3H G1901_SIGMA G7043_SIGMA 1,2,3-三羟丙烷1,2,3-三羟丙醇甘油G2289_SIAL G9406_SIGMA甘油-2-3H-[2-3H];CHEBI:17754 Glyzerin=Oelsi=1/Oels-H36-H36/H36-H32,1-2H{90工业甘油}达格拉克斯{甘油,无水}{甘油,合成}甘油甘油醇{甘油醇}乙yrol Glysanin NSC9230-奥夫塔尔根-锇醇丙三醇{合成甘油}三羟丙烷-维特罗苏波斯{WLN:Q1YQ1Q}甘油-1,3-14C{4-01-00-02751(贝尔斯坦手册参考号)}AI3-00091{BRN 0635685}{CCRIS 2295}{Caswell No.469}{Citifuro AF 2}{Clyzerin,wasserfrei[德国]}{EINECS 200-289-5}{EPA农药化学代码063507}{FEMA No.2525}{Glicerina[DCIT]}{Glicerol[西班牙旅馆]}{甘油(薄雾)}{甘油[JAN]}{甘油薄雾{Glyceroin[JAN]}{Glyceroin薄雾}{Glycerone-Glycerone薄雾{Glycerone-Glyceronine-Glyceronine-Glyceronine-Glyceronium}{{合并因子}1,2,3-丙三醇C00116最佳{丙三醇(VAN)}{1,2,3-丙三醇,均聚物}{甘油聚合物}{甘油,聚合物}{HL 80}{PGL 300}{PGL 500}{PGL 700}聚甘油{Unigly G 2}{Unigly 6}G5516 U-SIGMA MAP 000024 cactvs> 这隐藏了所有帕格的丑陋之处——但无论如何,我敢说,帕格有很好的文档记录。该工具包远远超出了简单的数据下载——如果您愿意,您甚至可以像本地SD文件一样打开和查询PubChem


不过,PubChem不包含安全数据。安全数据取决于国家/地区,受到严格监管,您应该非常小心,不要承担责任。请法律人员检查您的方法!

这可能有点像StackOverflow的专家。您可以尝试任何化学信息社区吗?@Tom it mig他可能非常专业,但我希望这里有人使用这些数据库。这里回答了很多ncbi问题。我也可以直接联系作者。谢谢你的回复。我下载了cactvs pdf文档,我会看一下。它看起来非常有趣。