Java、rJava安装在AWS EC2 for R（xlsx和其他软件包）上

我已经用Ubuntu 16.04.LTS和RStudio（见下面的

sessionInfo（）

output）重新激活了休眠的Amazon EC2微实例（多亏了AMI by）。在首先ssh绑定到AWS实例之后，我运行了

sudo apt get update

当我尝试在R Studio中安装一些软件包（例如xlsx和其他软件包）时（我遇到了一个错误，因为缺少Java，这似乎是一个常见的问题）。我按照建议1）安装依赖项（例如

xlsx

如

rJava

和

xlsxjars

）；2）

根据建议安装r-cran-rjava

。然后检查已安装的

java-version

显示

openjdk版本“1.8.0_131”
OpenJDK运行时环境（构建1.8.0_131-8u131-b11-0ubuntu1.16.04.2-b11）
OpenJDK 64位服务器虚拟机（构建25.131-b11，混合模式）

类似的问题也被提出了“”，这里的“”，解决方案似乎是将java的路径链接到R

export-LD\u-LIBRARY\u-path=$java\u-LD\u-LIBRARY\u-path

或设置R的环境。变量

Sys.setenv（JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/JAVA-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server'）

然而，运行

R CMD javareconf-e

揭示了（我想）一些更深层次的问题（）&或代码片段：

R CMD javareconf-e
Java解释器：/usr/lib/jvm/default Java/jre/bin/Java
Java版本：1.8.0131
Java主路径：/usr/lib/jvm/default Java
Java编译器：不存在
Java头文件生成：
Java存档工具：
试图编译和链接JNI程序
检测到JNI cpp标志：
检测到JNI链接器标志：-L$（JAVA_HOME）/jre/lib/amd64/server-ljvm
gcc-std=gnu99-I/usr/share/R/include-DNDEBUG-fpic-g-O2-fstack protector strong-Wformat-Werror=格式安全性-Wdate时间-D_加强_源=2-g-c conftest.c-o conftest.o
conftest.c:1:17:致命错误：jni.h:没有这样的文件或目录
编译终止。
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132:目标'conftest.o'的配方失败
make:**[conftest.o]错误1
无法编译JNI程序
已导出以下Java变量：
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_路径
运行：/bin/bash

我的一个朋友建议使用

sudo-apt-get-install-openjdk-8-jdk

在ec2实例上安装java，有趣的是，它解决了这个问题

您需要安装JDK。请看这里

在这里，我描述了如何使用R、Java和rJava包。即使描述是基于macOS的，它也应该适用于Linux。这是一个相当普遍的方法

---

您的问题与使用JRE而不是JDK有关。那里缺少JNI头。

已经晚了两年，但对我来说有效的方法是遵循此链接上的说明

https://www.r-bloggers.com/installing-rjava-on-ubuntu/

。在发表评论时，他们是：

# Install the Java Runtime Environment (JRE).
sudo apt-get install -y default-jre

# Install the Java Development Kit (JDK).
sudo apt-get install -y default-jdk

# Update where R expects to find various Java files.
sudo R CMD javareconf

# Install the package.
> install.packages("rJava")

---

虽然我通常不说使用另一个工具，但是你能考虑使用<代码> RexXL< /Cuth>包吗？它不依赖于Java，因此可以避免所有这些麻烦。谢谢你的回答和好主意。事实上，我想运行一个闪亮的应用程序，我（真正）的问题不是xlsx，而是qdap。感谢您提供有洞察力的网站。