Java 链表优化

我正在研究这个模拟限制性内切酶和DNA剪接的程序。我使用DnaSequenceNode[s]作为链表节点

我的代码中的一个函数有一个问题，cutSplice（）应该创建一个新的DnaStrand，它是当前DnaStrand的克隆，但是每个酶实例都被Splice替换

例如，如果LinkedDnaStrand被实例化为“TTGATCC”，并且 调用cutSplice（“GAT”、“TTAAGG”），则链表应类似于（前面的指针未显示）：

第一个->“TT”->“TTAAGG”->“CC”->空

我的功能正常。但是，我的方法cutSplice（）拼接200个DNA需要80多秒。我应该把80秒改成2秒

这是我的课程代码：

下面是cutSplice（）方法的代码

公共DNA和剪切拼接（字符串酶，字符串拼接）{
DnaStrand newStrand=null；
String original_Dna=this.toString（）；
字符串new_Dna=原始_Dna.replaceAll（酶，剪接）；
String[]剪接\u split=new\u Dna.split（剪接）；//拆分新的Dna字符串DnaStrand
newStrand=null；
int i=0；
if（原始Dna.起始于（酶））{
newStrand=新链接的NAstrand（拼接）；
}否则{
newStrand=newlinkeddnastrand（拼接分割[0]）；
newStrand.append（拼接）；
}
对于（i=1；i

是否有人看到任何可能对该函数处理200个DNA样本所需的时间产生重大影响的东西？

当然，使用string方法是很舒服的，但是在转换为string、返回到sequence以及（如前面的注释中所指出的）使用基于regex的string函数时，您正在浪费时间

直接操作链表肯定会花费更少的时间，尽管这需要您自己实现替换算法：

@覆盖
公共LinkedNastrand剪切拼接（字符串酶，字符串拼接）
{
LinkedNastrand strand=新LinkedNastrand（）；
DnaSequenceNode end=null；
DnaSequenceNode开始=顶部；
int pos=0；
脱氧核糖核酸序列tmpStart，tmpEnd；
对于（DnaSequenceNode current=top；current！=null；current=current.next）
{
如果（当前值！=酶特征（位置））
{
tmpStart=tmpEnd=newDNasequencenode（begin.value）；
对于（DnaSequenceNode n=begin.next；n！=current.next；n=n.next）
{
DnaSequenceNode c=新的DnaSequenceNode（n.值）；
tmpEnd.next=c；
c、 上一个=tPend；
tmpEnd=c；
}
}
else如果（++pos==enzyme.length（））
{
tmpStart=tmpEnd=新的DNA序列（拼接字符（0））；
对于（int i=1；i

我并不是说没有任何进一步优化的机会，但这应该比原始版本快得多。我用你给出的例子成功地测试了它，如果你还发现了一个bug，你可以自己修复它

注1：我确实明确地从字符串创建了一个新序列（而不是使用构造函数），以获得序列的结尾，而无需再次迭代

---

注2：我假设存在一个构造函数

DnaSequenceNode（char值）

，并且DnaSequenceNode有一个成员

public char值

。如果这些假设中的任何一个失败，您可能必须适当地调整代码。

也许您应该提供一个工作测试。我们可以使用您正在使用的任何数据输入运行它，这导致了80秒的运行时间。首先：为什么您要自己实现一个链表，然后使用字符串。这对我来说没有任何意义。解决问题的最简单方法是：启动（它包含在Oracle的JDK中），学习使用它并分析代码。你会发现热点，如果你需要帮助解决这些问题，可以提出一个新问题。您还将学习分析应用程序，这是所有程序员都需要知道的。我注意到的一点是，您正在使用

split（）

和

replaceAll（）

，它们都使用正则表达式，您可能不需要正则表达式，并且需要额外的处理能力。您可以使用

replace（）

而不是

replaceAll（）

来使用非regexp版本。对于

split（）。
public DnaStrand cutSplice(String enzyme, String splicee) {
    DnaStrand newStrand = null;
    String original_Dna = this.toString();
    String new_Dna = original_Dna.replaceAll(enzyme, splicee);
    String[] splicee_split = new_Dna.split(splicee); // splits the new DNA string DnaStrand
    newStrand = null;
    int i = 0;
    if (original_Dna.startsWith(enzyme)) {
        newStrand = new LinkedDnaStrand(splicee);
    } else {
        newStrand = new LinkedDnaStrand(splicee_split[0]);
        newStrand.append(splicee);
    }
    for (i = 1; i < splicee_split.length - 1; i++) {

        String node = splicee_split[i];
        newStrand.append(node);
        newStrand.append(splicee);

    }
    newStrand.append(splicee_split[splicee_split.length - 1]);

    if (original_Dna.endsWith(enzyme)) {
        newStrand.append(splicee);
    }


    return newStrand;
}