Linux 将静态变量传递给GNU并行

在bash脚本中，我试图将多个不同的fastq文件和几个用户提供的静态变量传递给gnuparallel。我不能硬编码静态变量，因为虽然它们在脚本中不会更改，但它们是由用户设置的，并且在不同的使用之间是可变的。我尝试了几种不同的方法，但得到了一个错误

参数-b/--bin:应为一个参数

尝试1：

binSize="10000"
outputDir="output"
errors="1"
minReads="10"

ls fastq_F* | parallel "python myscript.py -f split_fastq_F{} -b $binSize -o $outputDir -e $errors -p -t $minReads" 

尝试2：

    my_func() {
      python InDevOptimizations/DemultiplexUsingBarcodes_New_V1.py \
             -f split_fastq_F$1 \
             -b $binSize \
             -o $outputDir \
             -e $errors \
             -p \
             -t $minReads
    }
    export -f my_func

    ls fastq_F* | parallel my_func

很明显，我没有正确地传递静态变量。。。但我似乎无法理解正确的方法是什么。

当GNU Parallel无法实现您的期望时，请始终尝试

--dr

binSize="10000"
outputDir="output"
errors="1"
minReads="10"

ls fastq_F* | parallel --dr "python myscript.py -f split_fastq_F{} -b $binSize -o $outputDir -e $errors -p -t $minReads"

您使用的是“and not”，因此在GNU并行启动之前，变量应该被shell替换

如果命令在本地（即非远程）运行，则可以使用

导出变量

如果在远程服务器上运行，请使用

env_parallel

：

env_parallel --session

alias myecho='echo aliases'
env_parallel -S server myecho ::: work
myfunc() { echo functions $*; }
env_parallel -S server myfunc ::: work
myvar=variables
env_parallel -S server echo '$myvar' ::: work
myarray=(arrays work, too)
env_parallel -k -S server echo '${myarray[{}]}' ::: 0 1 2

env_parallel --end-session

---

您是否考虑过导出这些变量？给我的错误消息表明，

$binSize

的内容没有包含在调用中…这是一个好主意，我将尝试。感谢您的建议。结果：在“尝试2”的上下文中，Eporting似乎很有帮助：“但是它导致了不同的错误”没有这样的文件或目录：“split\u fastq\u F”“表示我的更改变量被错误地传递给函数。更新结果：导出解决了问题。”。上面提到的其他问题是由于我的实现出现了不相关的问题。我认为使用样式

parallel my\u func:：：fastq\u F*