Linux 批量重命名长文件名

我有如下文件名：

5_END_1033_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz
5_END_1033_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz
40_END_251_GTGAAA_L002_R1_001.fastq.gz
40_END_251_GTGAAA_L002_R2_001.fastq.gz

我想要像这样的东西：

END_1033_R1.fastq.gz
END_1033_R2.fastq.gz
END_251_R1.fastq.gz
END_251_R2.fastq.gz

---

在linux中有好的方法重命名这些文件吗？

您可以尝试使用循环提取文件名的重要部分：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); echo $newname; done

这将为您提供一个新的文件名列表。然后可以移动它们：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); mv $file $newname; done

要稍微分解一下这一点：

• 在*.gz文件上循环
• 创建一个变量，从名称中去掉不必要的内容
• 将文件名移动到该新名称

我希望有更好的方法来做到这一点，但这是我头脑中想出来的

测试：

注意我在bash 4.4.5中这样做

编辑 鉴于我不能完全确定名称中的哪些列是最重要的，

awk

可能会更好：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); echo $newname; done

这将按

拆分文件名，并允许您使用
$X
引用所需的列：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); mv $file "${newname}.fastq.gz"; done

您可以尝试使用循环提取文件名的重要部分：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); echo $newname; done

这将为您提供一个新的文件名列表。然后可以移动它们：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); mv $file $newname; done

要稍微分解一下这一点：


在*.gz文件上循环
创建一个变量，从名称中去掉不必要的内容
将文件名移动到该新名称

我希望有更好的方法来做到这一点，但这是我头脑中想出来的

测试：

注意我在bash 4.4.5中这样做

编辑
鉴于我不能完全确定名称中的哪些列是最重要的，
awk
可能会更好：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); echo $newname; done

这将按
拆分文件名，并允许您使用
$X
引用所需的列：

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); mv $file "${newname}.fastq.gz"; done

我刚刚意识到它并不是在所有情况下都能工作，比如：17_END_107A_CGATGT_L005_R1_001.fastq.gz和29_END_4271A_ACAGTG_L008_R1_001.fastq.gz。此外，我更喜欢先去掉数字和“例如40、5等等。让我看看我是否可以调整它：）我刚刚意识到它在所有情况下都不起作用，比如：17_END_107A_CGATGT_L005_R1_001.fastq.gz和29_END_4271A_ACAGTG_L008_001.fastq.gz。此外，我更愿意先取出数字和“”，即40、5等。让我看看是否可以调整它：）