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Linux bash脚本和awk对文件进行排序

linux bash shell awk

Linux bash脚本和awk对文件进行排序,linux,bash,shell,awk,Linux,Bash,Shell,Awk,所以我有一个大学项目，第一个练习我没能通过。我的问题是： 我有一个文件，我想选择其中的一些数据，然后在另一个文件中“显示”它。但是我要查找的数据在文件中有点分散，所以我需要在脚本中使用几个awk命令来获取它们 Query= fig|1240086.14.peg.1 Length=76 Score E Sequences producing signific

所以我有一个大学项目，第一个练习我没能通过。我的问题是： 我有一个文件，我想选择其中的一些数据，然后在另一个文件中“显示”它。但是我要查找的数据在文件中有点分散，所以我需要在脚本中使用几个awk命令来获取它们

Query= fig|1240086.14.peg.1

Length=76
                                                                  Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

 fig|198628.19.peg.2053                                              140     3e-42


> fig|198628.19.peg.2053
Length=553
在图中，您可以看到有两种类型的“Length=”，我只想“捕获”一个“Query=”后面的“Length=”。 我必须使用awk，所以我尝试了以下方法：

 awk '{if(/^$/ && $(NR+1)/^Length=/) {split($(NR+1), b, "="); print b[2]}}'
但它不起作用。。。有人有想法吗？

awk
解决方案：

awk '/^Length=/ && r~/^Query/{ sub(/^[^=]+=/,""); printf "%s ",$0 }
     NF{ r=$0 }END{ print "" }' file

  • NF{r=$0}
    -捕获整个非空行
  • /^Length=/&&r~/^Query/
    -遇到前一行以
    Query
    开头的
    Length
    行时（由
    r~/^Query/
    确保）
      • awk
      解决方案：

      awk '/^Length=/ && r~/^Query/{ sub(/^[^=]+=/,""); printf "%s ",$0 }
     NF{ r=$0 }END{ print "" }' file

      • NF{r=$0}
        -捕获整个非空行
      • /^Length=/&&r~/^Query/
        -遇到前一行以
        Query
        开头的
        Length
        行时（由
        r~/^Query/
        确保）
      您需要了解Awk是如何工作的。它读取一行，评估脚本，然后重新开始，一次读取一行。因此，没有办法说“下一行包含这个”。你可以做的是“如果这行包含，那么记住它直到…”

      当我们看到
      Query=
      时，这会将标志
      q
      设置为1（true），然后跳到下一行。如果我们看到
      Length
      和最近看到的
      Query=
      ，那么
      q
      将是1，因此我们打印。在其他情况下，在任何非空行上将
      q
      设置回“最近未看到”。（我将其设置为非空状态，以便在不影响整体逻辑的情况下允许任何地方出现空行。）

      您需要了解Awk是如何工作的。它读取一行，评估脚本，然后重新开始，一次读取一行。因此，没有办法说“下一行包含这个”。你可以做的是“如果这行包含，那么记住它直到…”

      当我们看到
      Query=
      时，这会将标志
      q
      设置为1（true），然后跳到下一行。如果我们看到
      Length
      和最近看到的
      Query=
      ，那么
      q
      将是1，因此我们打印。在其他情况下，在任何非空行上将
      q
      设置回“最近未看到”。（我将其设置为非空状态，以便在不影响整体逻辑的情况下允许在任何地方出现空行。）

      听起来这正是您对问题第一部分的要求：

      $ awk -F'=' '!NF{next} f && ($1=="Length"){print $2} {f=($1=="Query")}' file
76
      但是idk第二部分是关于什么的，因为在您的输入中没有“数据”行，而且我能说的最多的是示例输入中只有一个有效的输出。

      听起来这就是您想要回答问题的第一部分：

      $ awk -F'=' '!NF{next} f && ($1=="Length"){print $2} {f=($1=="Query")}' file
76
      但是idk第二部分是关于什么的，因为在你的输入中没有“数据”行，我能告诉你的是样本输入中只有一个有效的输出。

      它必须是awk吗，你可以使用任何东西吗？当然最好使用awk，但是我愿意接受任何东西哈哈，你的问题是，在给定输入的情况下包含预期的输出。请参阅，特别是关于提供排序的部分。您可以做的最好的事情是使用
      awk（1）
      进行排序，并使用
      sort（1）
      进行计算。一旦你不知道怎么做这些事情，就去stackoverflow。尝试用
      ls（1）
      计算
      pi
      数字，这是一个真正的挑战！！！阅读
      grep（1）
      ，因为它将一次性解决所有问题。名称是不幸的，但它是你需要的工具。它必须是awk吗，你可以使用任何东西吗？嗯，最好使用awk，但我愿意接受任何东西。哈哈，你的问题是，在给定输入的情况下，包含预期的输出。请参阅，特别是关于提供排序的部分。您可以做的最好的事情是使用
      awk（1）
      进行排序，并使用
      sort（1）
      进行计算。一旦你不知道怎么做这些事情，就去stackoverflow。尝试用
      ls（1）
      计算
      pi
      数字，这是一个真正的挑战！！！阅读
      grep（1）
      ，因为它将一次性解决所有问题。名字很不幸，但它是你需要的工具。@tripleee，关键时刻是
      长度…
      行和
      查询…
      行应该是相邻的谢谢你的回答！你能给我解释一下“r~”的确切含义吗？@janedoe
      r
      变量包含以前捕获的行（
      r=$0
      ）@tripleee，关键时刻是
      长度…
      行和
      查询…
      行应该是相邻的谢谢你的回答！你能给我解释一下“r~”的确切含义吗？@janedoe
      r
      变量包含以前捕获的行（
      r=$0
      ），谢谢！！你能解释一下“！NF{next}f”是什么意思吗？关于第二部分，data1是查询，data2是长度，我用两个单独的awk命令提取它们，当我把它们放在一个文件中时，它会在data1的末尾“附加”data2，但我希望data2是前面请求的data1a旁边的一个选项卡，请编辑您的问题，以包括您试图在示例输入/输出中描述wrt这些“数据”项的内容，或者删除此问题中的所有提及内容并提出新问题。谢谢！！你能解释一下“！NF{next}f”是什么意思吗？关于第二部分，data1是查询，data2是长度，我用两个单独的awk命令提取它们，当我把它们放在一个文件中时，它会在data1的末尾“附加”data2，但我希望data2是前面请求的data1a旁边的一个选项卡，请编辑您的问题，以包括您试图在示例输入/输出中描述wrt这些“数据”项的内容，或删除此问题中的所有提及内容并提出新问题。谢谢！！！非常好的主意，这将帮助我在整个项目中，谢谢你的e