List 合并列表问题

抱歉标题不好，但问题不容易压缩成一句话

我有两个contigs列表（列表1和列表2）。它们大多包含独特的重叠群，但有一些重叠。我想比较list1和list2，然后创建一个list3，其中包含list1中的所有重叠，减去list2中也存在的重叠。使用简单的cat/paste/grep/sort/uniq类批处理命令是否可以实现这一点

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谢谢

看看Iesi.Collections库，也请参考Codeproject上的文章

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看看Iesi.Collections库，也请参阅Codeproject上的文章

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您可以使用

排序
和
uniq
来执行此操作：

sort list1 list2 list2 | uniq -u 

列表2中的任何行都将在已排序的输出中至少出现两次，因此将由uniq筛选器进行筛选。您可以使用
排序
和
uniq
：

sort list1 list2 list2 | uniq -u 

列表2中的任何行都将在排序后的输出中至少出现两次，因此将被uniq过滤器过滤
try
comm-23

示例（第一个列表：数字1-10，第二个列表包含数字5-8）

comm-23try
comm-23

示例（第一个列表：数字1-10，第二个列表包含数字5-8）

comm-23您没有显示有关列表的任何示例数据，所以我编造了它。假定

$ cat file1
11
12
5
13
7
14
15

$ cat file2
6
7
8
5
4
1

$ awk 'FNR==NR { a[$0]; next } (! ($0 in a) ) ' file2 file1
11
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13
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15

如果这不是您想要的，请用列表和所需输出的示例更清楚地描述您的列表。
您没有显示关于列表的任何示例数据，因此我编造了它。假定

$ cat file1
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5
13
7
14
15

$ cat file2
6
7
8
5
4
1

$ awk 'FNR==NR { a[$0]; next } (! ($0 in a) ) ' file2 file1
11
12
13
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15

如果这不是你想要的，请用你的清单和你想要的结果的例子更清楚地描述一下。我也从事生物信息学和基因组学的工作

如果您真的想得到uniq contig序列，最好使用python或perl来解决重叠/不匹配线程的问题

来自中国深圳BGI的GentleYang:）
我也从事生物信息学和基因组学工作

如果您真的想得到uniq contig序列，最好使用python或perl来解决重叠/不匹配线程的问题

作者：BGI深圳分公司的GentleYang:）
谢谢！其他的可能也会起作用，但这对我的数据集起到了作用。：）谢谢其他的可能也会起作用，但这对我的数据集起到了作用。：）