Loops 如何将不同目录中的相似命名序列文件转换为单个大型fasta文件

我正在努力完成以下工作。我有大约40个不同物种的目录，每个目录都有100个包含同源序列的序列文件。序列文件的名称与每个物种目录相似。我想将40个物种目录中同名的文件连接到一个名为类似的序列文件中

我的数据如下所示，例如：

directories: Species1 Species2 Species3 
  Within directory (similar for all): sequenceA.fasta sequenceB.fasta sequenceC.fasta

I want to get single files named: sequenceA.fasta sequenceB.fasta sequenceC.fasta 
where the content of the different files from the different species is concatenated.

我试图通过一个循环来解决这个问题（但这对我来说永远不会有好的结局！）

这导致了空文件和错误。我确实尝试在其他地方找到解决方案，例如：（，），但我无法将它们编辑到我的案例中

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有人能帮我一下吗？谢谢

在物种目录所在的根目录中，应运行以下操作：

$ mkdir output
$ find Species* -type f -name "*.fasta" -exec sh -c 'cat {} >> output/`basename {}`' \;

它递归遍历所有文件，并将具有相同basename的文件的内容合并到输出目录下的一个文件中

编辑：尽管这是一个公认的答案，但OP在评论中提到，真实目录与原始问题中所示的常见模式

物种*

不匹配。在这种情况下，您可以使用：

$ find -type f -not -path "./output/*" -name "*.fasta" -exec sh -c 'cat {} >> output/`basename {}`' \;

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这样，我们不指定搜索模式，而是显式省略

output

目录，以避免重复已处理的数据。

谢谢vtronko，超级帮助。我没有想过使用find。我得到了以下错误，我无法通过在手册页中找到解决方案来解决：

find*-typef-name“*.fasta”-exec sh-c'cat{}>>output/

basename{}

'find:missing参数改为
-exec'`为什么将
物种
查找模式改为
*
？这样，它偶尔也会从
输出
目录开始读取，并且会出现重复，这不是您想要的。此外，您还错过了
\
是exec语法的重要部分，不知道为什么要删除它。如果未经修改就运行此程序，会发生什么情况？注意：您在注释中的格式设置失败，您需要将代码包装在三个勾号中。我更改物种的原因是目录中确实有物种的名称，因此没有一致性。\；这是一个遗漏的副本部分！它现在运行，也没有物种部分。非常感谢！我仍然坚持不使用
*
glob，因为它也将从输出目录中读取，这将破坏您预期的结果。如果您想保持
*
不变，那么添加-not如果您仍然想使用
*
，我建议在
-type f
之前添加
-not-path“/output/*”
，因此它特别排除了target dir。
$ find -type f -not -path "./output/*" -name "*.fasta" -exec sh -c 'cat {} >> output/`basename {}`' \;