Loops 循环以连接UNIX中名称几乎相同的多对文件

我有一个非常基本的问题，但我找不到解决办法。我有多个文件在同一个目录中，我想连接每一对文件。名单如下：

样本1_R1_L001.fastq 样本1_R2_L001.fastq 样本2_R1_L001.fastq 样本2_R2_L001.fastq 样本3_R1_L001.fastq 样本3_R2_L001.fastq

（等等……）

我想要的结果是通过示例连接，例如 cat Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq>Sample1_concat.fastq

我试过这个循环， 找到-读取文件时命名为“_R？124;”；执行“$file”R1*.fastq“$file”\u R2\u L001.fastq>“$file”\u merged.fastq

但它不起作用。有什么想法吗？

以下是我的想法：

for i in {1..4}; do echo cat Sample"$i"* > combined_"$i".txt; done

在数字上循环，然后生成命令。。。获取实际的文件名当然是可能的，但是使用shell，我只做可能工作的最简单的事情，即使这意味着部分强制循环

将1..4替换为任何限制，外壳将为您将其扩展为所有不同的数字

for i in {1..3}; 
do for j in 1 2; 
do cat 6692_S${i}_S${i}_*_R${j}_001.fastq.gz >  6692_S${i}_R${j}_concatenate.fastq.gz; 
done; 
done

#我的样本名称为示例6692_S1_S1_L001_R1_001.fastq.gz；6692_S1_S1_L002_R1_001.fastq.gz

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我想你可以根据自己的需要量身定做。

非常感谢你的回复。实际上，文件名有点复杂（更像MTNT-Enr-BS_S70_L001_R1_001.fastq），每个样本有一对（因此MTNT-Enr-BS_S70_L001_R1_001.fastq和MTNT-Enr-BS_S70_L001_R2_001.fastq）。我可能会尝试简化名称，但从长远来看，我希望能够在不做太多调整的情况下运行循环。有什么建议吗？再次感谢！嗯，如果没有看到更大的名字示例，我不确定。正如我所说，对于shell，我倾向于根据具体问题快速解决问题。更准确地说，文件名有点复杂（类似于MTNT-Enr-BS_S70_L001_R1_001.fastq），每个样本有一对（因此MTNT-Enr-BS_S70_L001_R1_001.fastq和MTNT-Enr-BS_S70_L001_R2_001.fastq）。我可能会尝试简化名称，但从长远来看，我希望能够在不做太多调整的情况下运行循环。有什么建议吗？谢谢你Benoit！