Merge 如何使用循环函数将列表中的一个文件与多个文件合并以在R中生成多个合并文件
我有一个24对文件的列表。 我想合并每个对文件与NDF文件,产生24个合并对NDF文件。 其目的是写入每个合并文件,从文件中提取信息以创建XYS文件。 但是,在这里,我尝试执行一个循环函数,将NDF文件与24对文件中的每一个文件合并Merge 如何使用循环函数将列表中的一个文件与多个文件合并以在R中生成多个合并文件,merge,Merge,我有一个24对文件的列表。 我想合并每个对文件与NDF文件,产生24个合并对NDF文件。 其目的是写入每个合并文件,从文件中提取信息以创建XYS文件。 但是,在这里,我尝试执行一个循环函数,将NDF文件与24对文件中的每一个文件合并 #read in files allfilesList=lapply(list.files(), read.delim, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE) #read files in a list, and merge eac
#read in files
allfilesList=lapply(list.files(), read.delim, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)
#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#1
for(file in allfileslist){
if(!exists("dataset")){
dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)
}
for(file in allfileslist){
if(exists("dataset")){
temp_dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t")
dataset=merge(file, ndf, by="PROBE_ID", temp_dataset)
rm(temp_dataset)
}
}
#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#2
for(i in 1:length(allfileslist)){
readnmerge=read.delim(file=paste(getwd(), allfileslist[i], sep="\t"), header=T)
dataMerge=merge(readnmerge, ndf, by="PROBE_ID")
}
然而,在这两种情况下,它似乎只在一个文件上迭代,并且IMAGE_ID是每对文件中的第一列
我会继续努力的。不过,如果有人能提出更好的方法,请回复。
当做
富兰克林已经有一段时间了,所以我想我可以帮助回答我自己的问题。 另外,我在Bioconductor中找到了pdInfoBuilder和Oligo软件包。 有一种方法可以使用R将pair转换为xys文件。 我在这里找到了这个帖子:
这很有帮助 for循环是否应该是
dataset=read.table(文件,…)
?