Open source 蛋白质折叠的开源GPGPU项目

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我正在寻找一个蛋白质折叠(CUDA/OpenCL)的开源GPGPU项目。你能给我一些建议吗


谢谢

Folding@home可能是迄今为止最大的基于GPU的蛋白质折叠项目。所以你最好使用他们使用的任何东西:。这似乎是Gromacs和的自定义版本

下面是此类软件的完整列表:。除了GROMACS/OpenMM之外,值得注意的软件包还包括NAMD(自1995年以来一直存在)和ACEMD


这些可以分为分子动力学(使用经验势场)、从头算(使用量子力学)和杂化。这些都不是蛋白质折叠特异性的,但大多数分子动力学软件包可以处理蛋白质折叠大小的问题。从头算软件包还没有出现,但正在接近。

Gromacs?MUMer GPU?谢谢我会查出来:)@Josh Vo:这能回答你的问题吗?如果是,请记住接受答案。亚历克斯,抱歉耽搁了。非常感谢你提供的信息。我接受了!