Parallel processing 了解如何在Slurm上提交并行计算作业

我正在使用一个名为IAMR的流体解算器，并试图通过我的学校集群使其执行更快。我有添加节点和指定任务的选项，但我不知道我的模拟需要运行什么。我正在尝试渲染单个模拟，到目前为止，以下slurm脚本已起作用：

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#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -N 10  
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

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#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -N 10  
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

除了不知道要请求多少节点和任务外，我不确定是否正确提交了作业。IAMR指南中指出： 对于MPI构建，您可以使用并行运行，例如：

mpiexec-n 4./amr2d.gnu.DEBUG.MPI.ex inputs.2d.bubble

但我在提交工作申请时没有使用这一行。我问了一位朋友，他们说：“任务”通常意味着“MPI进程”，因此，如果你将问题分解为4个网格，那么按照AMReX的工作方式，你可以让每个MPI等级更新一个网格，因此使用4个网格，你会要求4个MPI进程。那么，这是否意味着如果我请求4个任务，我必须找出如何将网格划分为4个部分？任何见解都会有帮助！以下是我的群集规格：

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您的文件名us

amr3d.gnu.MPI.OMP.ex

。这是一个OpenMP程序（使用多核并行）还是一个MPI程序（在多个节点上使用多个进程），或者是一个混合程序，两者都使用，就像文件名听起来一样

好的，这是一个混合程序，所以我们说你使用2个节点，每个节点有16个核，然后你可以像这样做

#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --ntasks=2
export OMP_NUM_THREADS=16

echo "Used nodes:" $SLURM_NODELIST
mpirun ./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

---

您的文件名us

amr3d.gnu.MPI.OMP.ex

。这是一个OpenMP程序（使用多核并行）还是一个MPI程序（在多个节点上使用多个进程），或者是一个混合程序，两者都使用，就像文件名听起来一样

好的，这是一个混合程序，所以我们说你使用2个节点，每个节点有16个核，然后你可以像这样做

#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --ntasks=2
export OMP_NUM_THREADS=16

echo "Used nodes:" $SLURM_NODELIST
mpirun ./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

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我被告知它是混合动力车，用户指南也同意这一点。我感谢你向我解释这两个术语。“可执行文件的名称（由make系统生成）编码了若干构建特征，包括问题的维度、编译器名称以及MPI和/或OpenMP是否与可执行文件链接。”谢谢！工作得很有魅力！！！我真的很感谢你的帮助。有人告诉我这是混合动力车，用户指南也同意这一点。我感谢你向我解释这两个术语。“可执行文件的名称（由make系统生成）编码了若干构建特征，包括问题的维度、编译器名称以及MPI和/或OpenMP是否与可执行文件链接。”谢谢！工作得很有魅力！！！我真的很感谢你的帮助。