Parameters Snakemake:展开参数

我正在尝试构建一个简单的工作流，将参数列表提供给脚本。举例说明：

SAMPLES=['A','B']

rule test:
    params:
        sample=expand("{sample}", sample=SAMPLES)
    script:
        "test.py {params.sample}"

但是，snakemake仅使用示例

A

执行脚本，而不是

B

。换句话说，我相信它正在执行

python test.py ab

，而不是

python test.py A

然后执行

python test.py B

。同样，我认为这一点可以从以下几个方面得到说明：

SAMPLES=['A','B']

rule print_samples:
    params:
        sample=expand("{sample}", sample=SAMPLES)
    script:
        "echo {params.sample} \n"

我希望看到

A

和

B

分别打印在不同的行上，但它在同一行上打印

ab

---

我是否遗漏了expand与params的工作方式？理想情况下，我希望添加

-j

标志以并行运行它们（此时

-j

仅使用

A

执行）。

这是预期的输出。在本例中，Expand只是

[样本中样本的str（样本）]

当输入到shell或脚本时，这些项目会在

ab

之间加上一个空格

相反，您需要一个适用于任何示例的通用规则（您还需要一个输出文件）：

规则测试：
输出：“{sample}.out”
外壳：
“test.py{wildcards.sample}”#不需要参数，假设它将输出{sample}.out写入

这里test.py是一个可执行文件。 因此，当您请求A.out时，

test.py A

运行，对于B.out，您将得到

test.py B

下一步，你必须要求你想要的输出。这通常是snakefile中的第一条规则，称为all：

规则所有：
输入：展开（{sample}.out'，sample=SAMPLES）

同样，“展开”将为您提供一个示例列表，在您的情况下，“规则全部”变为：

rule all:
   input: 'A.out', 'B.out'

指定输出文件后，snakemake确定规则测试需要运行两次，一次使用A，一次使用B

---

因此，请记住，为任何一个示例编写规则作为泛化。您可能只需要在规则all中展开一次，就可以为每个示例专门化规则。Snakemake负责确定需要运行什么，如果您给它额外的内核，它可以同时执行单独的作业。

谢谢，这为我清理了很多事情！但是，当我运行您的代码时（我还在

输出：“{sample}.out”

”周围添加了引号），我得到了以下错误：

名称“通配符”在此上下文中是未知的。请确保您定义了该变量。还要注意，不用于变量访问的大括号必须通过重复它们来转义，即{{print$1}

有什么想法吗？另一条信息：我只有在使用

脚本时才会出现此错误：

。如果我这样做：

shell:“python test.py{wildcards.sample}”

它工作得很好。我从未使用过

script

指令。我使用

shell

或

run

。似乎

script

应该只采用脚本的路径，而不使用命令行参数。脚本将在内部通过

snakemake

变量访问内容：你们都是对的！对不起，我是在抄袭原来的问题；我也通常使用shell。编辑以修复这两个打字错误，并进一步解释了python脚本。