Parameters 通配符作为snakemake中的参数？

我刚进入snakemake，我已经被这个问题困扰了一段时间： 我有这个规则，我想使用列表的元素（存储在文件中）作为参数。这是我最接近它的一次，但它不起作用

#configfile: 'config.yaml'
proteins = list(x.strip().split()[1] for x in open(config['protein_ids']))
rule links:
params:
    prot = lambda wildcards: proteins[wildcards.protein]
shell:
    'esearch -db protein -query {params.prot} | elink -db assembly -target nuccore | efetch -format docsum | xtract -pattern DocumentSummary -element Caption,Title >> genomes.txt'

错误是：

AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'protein'
Wildcards:

任何提示都将不胜感激！ 最好的， D.

欢迎来到Snakemake

至少有些问题不是定义输出。也许像这样的方法会奏效：

#配置文件：“config.yaml”
蛋白质=列表（x.strip（）.split（）[1]用于打开的x（配置['protein_id']））
规则链接：
输出：“{protein}\u genomes.txt”
参数：
prot=lambda通配符：蛋白质[通配符.蛋白质]
外壳：
'esearch-db protein-query{params.prot}|'
“elink-db程序集-目标nuccore |”
“efetch-格式docsum |”
'xtract-模式文档摘要-元素标题，标题'
“>{output}”

这将抛出一个错误，因为

蛋白质
是一个列表，您似乎将其用作命令

一般来说，使用snakemake附加到文件不是一个好主意，因为snakemake可以通过文件和修改时间工作。在追加文件时，无法知道是否需要重新生成文件。最好添加另一条规则来连接所有文件

最后，对于长命令，我喜欢将shell指令拆分为多行，以便于阅读和修改。外壳内容被视为在一个块中，并连接在一起。
感谢您提供的所有提示！我还尝试修改params行，以便现在使用list:
prot=lambda通配符：proteins
，但随后该命令将尝试同时运行整个列表（
命令'esearch-db protein-query WP_136129796.1 WP_136130620.1 WP_159990234.1 WP_136132112.1 WP_136131313.1 WP_095034915.1 WP_006708696.1 PAV05377.1 WP_015873789.1 WP_100096494.1 | elink-db assembly-target nuccore efetch-format docsum | xtract-pattern文档摘要-元素标题>genomes.txt'返回非零退出us 255
）有什么想法吗？我还尝试使用
prot=expand（{protein}'，protein=proteins）
，但没有成功。它还尝试一次使用整个列表。您只想查询蛋白质吗？
prot=lambda通配符：通配符。protein
？否则请编辑您的问题以澄清您的意图。