如果第二个字段匹配，perl使用一行程序将列添加到文件中

我有一个文件，有些行有4个字段，有些行有3个字段，如下所示：

1 rs17125090 63988904 ENSG00000142856
7 7.87455705 ENSG00000075303

在该行有3个字段的情况下，第二个字段与“number.longer number”匹配，而在该行有4个字段的情况下，第二个字段与“rsnumber”匹配。在该行有3个字段的情况下，我想在第三列中添加一个字段，该字段包含一个等于第二个字段的数字，以“.”分隔。例如，生成的文件如下所示：

1 rs17125090 63988904 ENSG00000142856
7 7.87455705 87455705 ENSG00000075303

我的perl一行是：

perl -e 'for(`cat file`){my@L=split;if($L[1]=~m/^\d+\.\d+$/){my@snp=split(/\./,$L[1]);splice(@L,2,0,$snp[1])}}open OUT,">file.new";print OUT "@L\n"; close OUT'

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但我只是得到一个空文件。有人能解决这个问题/告诉我出了什么问题吗？

编写单行程序时需要非常小心。许多正常的保护措施都没有到位，而且在没有布局的情况下，发现错误的难度要小得多

你的代码相当于这个程序

for ( `cat file` ) {

    my @L = split;

    if ( $L[1] =~ m/^\d+\.\d+$/ ) {
        my @snp = split( /\./, $L[1] );
        splice( @L, 2, 0, $snp[1] );
    }
}

open OUT, ">file.new";
print OUT "@L\n";
close OUT;

你现在能看到问题在哪里吗

这应该可以满足你的需要

perl -anE 'splice @F, 2, 0, $F[1] =~ /\.(\d+)/; say "@F";' myfile

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这将有助于你展示一个可读的程序版本。谢谢你对我（现在已删除）的答案的评论。我说“for循环体只运行一次”，您更正了这一点：“cat文件输出中的每行循环体运行一次。”（我不知道backticks在列表上下文中的行为是这样的。）我还发布了一个由于复制和粘贴错误而损坏的修复版本。它应该说：[perl-pe“s/\（\d+/$1$1/”file.new]@Buster：还要注意，在perl替换的替换字符串中应该使用

$1

，而不是

\1

。这个解决方案可能没问题，但我们不知道行中的其他地方没有任何其他点字符会导致失败。在我上面的评论中，“修复”指的是使用$1而不是\1，不是第二个批评，这是您后来添加的，也是正确的。