Perl 将一个列表与另一个列表匹配

我有一个包含如下数据的txt文件（测试）：

以及另一个包含如下数据的txt文件（数据库）：

我希望获得一个输出文件，其中测试与数据库匹配，给出如下内容：

chr1_8383722 12_Repressed
chr1_201327234 13_Heterochrom/lo
chr2_123123 1_Active Promoter

这可以在perl上完成吗？谢谢大家!

试试这个：

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

open(my $db, "<", "database.txt") or die "Cannot open < database.txt: $!";
open(my $tst, "<", "test.txt") or die "Cannot open < test.txt: $!";

my @database;

while (<$db>) {
    chomp;
    my @fields = split;
    push @database, \@fields;
}

while (my $line = <$tst>) {
    chomp($line);
    my ($chr, $pos) = split /_/, $line;
    # There is not unique key can be used to detect whether an entry is exist
    # in the database.
    foreach my $entry (@database) {
        if ($chr eq $entry->[0] && $entry->[1] <= $pos && $pos <= $entry->[2]) {
            print "$line $entry->[3]\n";
        }
    }
}

#/usr/bin/perl
使用警告；
严格使用；
打开（我的$db，“[3]\n”；
}
}
}

以下内容可能会有所帮助：

use strict;
use warnings;

my %hash;
local $" = '_';

while (<>) {
    chomp;
    $hash{$_} = undef;
    last if eof;
}

while (<>) {
    my @cols = split;
    print "@cols[ 0, 1 ] $cols[-1]\n" if exists $hash{"@cols[ 0, 1 ]"};
}

使用严格；
使用警告；
我的%hash；
本地$“='"”；
而（）{
咀嚼；
$hash{$\}=undf；
最后如果eof；
}
而（）{
我的@cols=split；
如果存在$hash{“@cols[0，1]”，则打印“@cols[0，1]$cols[-1]\n”；
}

命令行用法：

perlscript.pl测试数据库[>outFile]

---

最后一个可选参数（不带方括号）将输出指向一个文件。

如何将

TEST

与

DATABASE

匹配以生成所需的输出？

TEST

基本上是一个带有“_“分离基因组位置。如果

测试

条目对应于

数据库

条目范围（包括chromStart和chromEnd），我希望获得输出输出将提供来自

TEST

的原始条目和来自

数据库的相应名称。请注意，
TEST
中有2个具有不同chr的MILL+条目（例如chr1 chr22等）。我希望我的解释不会太混乱。

测试中的任何条目都不能用于生成您给出的输出。如果测试输入正确，并且输入和输出之间的关系正确，请更新您的问题。很抱歉，这已更正

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

open(my $db, "<", "database.txt") or die "Cannot open < database.txt: $!";
open(my $tst, "<", "test.txt") or die "Cannot open < test.txt: $!";

my @database;

while (<$db>) {
    chomp;
    my @fields = split;
    push @database, \@fields;
}

while (my $line = <$tst>) {
    chomp($line);
    my ($chr, $pos) = split /_/, $line;
    # There is not unique key can be used to detect whether an entry is exist
    # in the database.
    foreach my $entry (@database) {
        if ($chr eq $entry->[0] && $entry->[1] <= $pos && $pos <= $entry->[2]) {
            print "$line $entry->[3]\n";
        }
    }
}

use strict;
use warnings;

my %hash;
local $" = '_';

while (<>) {
    chomp;
    $hash{$_} = undef;
    last if eof;
}

while (<>) {
    my @cols = split;
    print "@cols[ 0, 1 ] $cols[-1]\n" if exists $hash{"@cols[ 0, 1 ]"};
}