我该如何解开这个与BioPerl有关的谜团？

我正在使用Ubuntu 10.04和Perl 5.10.1。BioPerl包有一些很好的脚本，例如bp_genbank2gff3.pl，它将文件从genbank格式转换为GFF3格式

问题：当使用bp_genbank2gff3.pl时，我得到了意想不到的结果：基因特征在最后一列GFF3中得到了“Name=”而不是“locus_tag=”

一位亲爱的BioPerl邮件列表成员告诉我，他使用了BioPerl存储库中最新的BioPerl版本，并得到了正确的结果（“locus_tag=”）。我得到了一份新的，但对我不起作用。奇怪

重新创建情况的步骤：

$ cd ~/src
$ git clone http://github.com/bioperl/bioperl-live.git
$ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
$ cd /tmp
$ wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/Escherichia_coli_E24377A/NC_009789.gbk
$ ~/src/bioperl-live/scripts/Bio-DB-GFF/genbank2gff3.PLS NC_009789.gbk

以下是我的计算结果GFF3的第8行：

NC_009789    GenBank    gene    665    781    .    -    1    ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;Name=EcE24377A_B0001

虽然这与我同事的结果是一样的：

NC_009789    GenBank    gene    665    781    .    -    1    ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;**locus_tag**=EcE24377A_B0001

请注意，我的版本中的“Name=”标记（在行的末尾）替换为我同事版本中的“locus\u tag=”标记 我不知道这里发生了什么。。。相同的输入，大概相同的脚本，但不同的输出（我的同事得到的输出是理想的）。我们甚至对相同的脚本（

genbank2gff3.PLS

）进行了区分

有什么想法吗？ 有人能看看他是否得到了与我或我同事相同的结果吗？

看看：

在

中，将\u转换为\u名称

：

elsif ($g->has_tag('locus_tag')) {
    ($gene_id) = $g->get_tag_values('locus_tag');
    $g->remove_tag('locus_tag');
    $g->add_tag_value('Name', $gene_id);
}

---

所以看起来脚本正在做它应该做的事情？

脚本应该做的事情是有争议的。我认为它应该包括一个“轨迹标记”，如果存在的话。当我想要求添加此功能时，整个事情就开始了，当bioperl的编码人员告诉我他已经是这样了（即显示轨迹标记）.问题是谁弄错了…我只是想确定这不是我身边的什么奇怪的事..............................没关系.我只希望我对BioPerl pkg了解得更多

elsif ($g->has_tag('locus_tag')) {
    ($gene_id) = $g->get_tag_values('locus_tag');
    $g->remove_tag('locus_tag');
    $g->add_tag_value('Name', $gene_id);
}