使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本?
我正在使用使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本?,perl,git,cpan,perlbrew,bioperl,Perl,Git,Cpan,Perlbrew,Bioperl,我正在使用perlbrew,我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm还是git 如果git-我应该像往常一样安装(AKAgit clone…然后制作和构建),还是应该做一些特殊的事情 更新 具体而言,我不确定我是否了解以下专家: 告诉perl在哪里可以找到BioPerl (假设您签出了中的代码 $HOME/src;在您的 .bash_profile、.profile或.cshrc): 为什么这是必要的 更新2 仅导出bioperl克隆目录不会影响所有bp_***.pl脚本(通常在正
perlbrew
,我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm
还是git
如果git
-我应该像往常一样安装(AKAgit clone…
然后制作和构建),还是应该做一些特殊的事情
更新
具体而言,我不确定我是否了解以下专家:
告诉perl在哪里可以找到BioPerl
(假设您签出了中的代码
$HOME/src;在您的
.bash_profile、.profile或.cshrc):
为什么这是必要的
更新2
仅导出bioperl克隆目录不会影响所有bp_***.pl
脚本(通常在正常构建安装后在/usr/bin/
下找到)
在使用perlbrew
切换到正确的perl版本后,我还尝试从克隆的dir构建,但随后它运行CPANShell来安装一些依赖项,这些依赖项似乎与perlbrew
不兼容(与cpanm
相反)
所以,我的问题仍然是
谢谢 最新的节目总是在播放,所以这是你的答案。你是否想要前沿是另一回事,但在关注BioPerl邮件列表一段时间后,我感觉开发人员更可能会说“如果你对BioPerl有任何问题,尤其是自2009年以来。从那时起,有了很多发展
至于安装它,我不明白为什么您不能在使用perlbrew
perl之后继续进行标准的git克隆…
make/build dance,这就是perlbrew
:-)
问题更新的更新:关于设置PERL5LIB
的简介就在那里,因为一旦您通过git
克隆了BioPerl,大概不需要构建它;它可以直接开箱即用。假设您没有将它克隆到@LIB
中的目录中,您需要告诉Perl在哪里可以找到它。无论是否使用perlbrew
,都必须执行此操作
基本上,过程如下:
从GitHub克隆BioPerl
确保您使用的是perlbrew
-安装的Perl
按照BioPerl说明设置PERL5LIB
环境变量
运行perl-MBio::perl-le'print Bio::perl->VERSION;'代码>以确保您正在使用刚刚签出的BioPerl
看看,#4应该打印出1.006900,我想(或者可能是1.6.9,我永远无法保持Perl版本号的准确性)。没有构建?但是bioperl拥有全球可访问的所有bp.***
脚本。它们会被更新吗?如果没有安装,它们如何在一开始就可以访问?我不能确定,但我认为如果您从GitHub获得bioperl run
包,您可以将PATH
环境变量设置为bp.*
程序所在的位置。在CPAN上更新版本是另一个问题,如果有人承担这项任务,我相信社区会非常感激。
bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"