Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/9/git/25.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本?_Perl_Git_Cpan_Perlbrew_Bioperl - Fatal编程技术网

使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本?

使用perlbrew时如何安装最新的BioPerl版本?,perl,git,cpan,perlbrew,bioperl,Perl,Git,Cpan,Perlbrew,Bioperl,我正在使用perlbrew,我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm还是git 如果git-我应该像往常一样安装(AKAgit clone…然后制作和构建),还是应该做一些特殊的事情 更新 具体而言,我不确定我是否了解以下专家: 告诉perl在哪里可以找到BioPerl (假设您签出了中的代码 $HOME/src;在您的 .bash_profile、.profile或.cshrc): 为什么这是必要的 更新2 仅导出bioperl克隆目录不会影响所有bp_***.pl脚本(通常在正

我正在使用
perlbrew
,我想安装最新的bioperl版本。我应该使用
cpanm
还是
git

如果
git
-我应该像往常一样安装(AKA
git clone…
然后制作和构建),还是应该做一些特殊的事情

更新

具体而言,我不确定我是否了解以下专家:

告诉perl在哪里可以找到BioPerl (假设您签出了中的代码 $HOME/src;在您的 .bash_profile、.profile或.cshrc):

为什么这是必要的

更新2

仅导出bioperl克隆目录不会影响所有
bp_***.pl
脚本(通常在正常
构建安装后在
/usr/bin/
下找到)

在使用
perlbrew
切换到正确的perl版本后,我还尝试从克隆的dir构建,但随后它运行CPANShell来安装一些依赖项,这些依赖项似乎与
perlbrew
不兼容(与
cpanm
相反)

所以,我的问题仍然是

谢谢

最新的节目总是在播放,所以这是你的答案。你是否想要前沿是另一回事,但在关注BioPerl邮件列表一段时间后,我感觉开发人员更可能会说“如果你对BioPerl有任何问题,尤其是自2009年以来。从那时起,有了很多发展

至于安装它,我不明白为什么您不能在使用
perlbrew
perl之后继续进行标准的
git克隆…
make/build dance,这就是
perlbrew
:-)

问题更新的更新:关于设置
PERL5LIB
的简介就在那里,因为一旦您通过
git
克隆了BioPerl,大概不需要构建它;它可以直接开箱即用。假设您没有将它克隆到
@LIB
中的目录中,您需要告诉Perl在哪里可以找到它。无论是否使用
perlbrew
,都必须执行此操作

基本上,过程如下:

  • 从GitHub克隆BioPerl
  • 确保您使用的是
    perlbrew
    -安装的Perl
  • 按照BioPerl说明设置
    PERL5LIB
    环境变量
  • 运行
    perl-MBio::perl-le'print Bio::perl->VERSION;'以确保您正在使用刚刚签出的BioPerl

  • 看看,#4应该打印出1.006900,我想(或者可能是1.6.9,我永远无法保持Perl版本号的准确性)。

    没有构建?但是bioperl拥有全球可访问的所有
    bp.***
    脚本。它们会被更新吗?如果没有安装,它们如何在一开始就可以访问?我不能确定,但我认为如果您从GitHub获得
    bioperl run
    包,您可以将
    PATH
    环境变量设置为
    bp.*
    程序所在的位置。在CPAN上更新版本是另一个问题,如果有人承担这项任务,我相信社区会非常感激。
    bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
    tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"