Perl 从BindingDB下载PDB文件

我正试图找到一种使用BindingDB下载蛋白质PDB文件的方法。我有一个具有不同BindingDB ID的文件，我想下载每个ID的每个与蛋白质结合的配体的PDB文件

我使用脚本从RSCB:PDB下载特定的PDB文件。现在我必须做同样的事情，但是我有BindingDB id

我之前使用的脚本如下所示：

#! usr/bin/perl -w

open (NDX, 'file.txt');
@ndx_ar = <NDX>;
close NDX;

$ndx_sz = scalar @ndx_ar;

for ( $c = 0; $c < $ndx_sz; ++$c ) {

    chomp $ndx_ar[$c];

    if ( $ndx_ar[$c] =~ /pdb/ ) {
        $ndx_ar[$c] =~ s/.pdb//;
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
    else {
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
}

exit;

#！usr/bin/perl-w
打开（NDX，'file.txt'）；
@ndx_ar=；
关闭NDX；
$ndx_sz=标量@ndx_ar；
对于（$c=0；$c<$ndx_sz；++$c）{
chomp$ndx_ar[$c]；
如果（$ndx_ar[$c]=~/pdb/）{
$ndx_ar[$c]=~s/.pdb/；
`wget'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]'-O$ndx_ar[$c].pdb`；
}
否则{
`wget'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]'-O$ndx_ar[$c].pdb`；
}
}
出口

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可访问性。PDBbind中每个综合体的基本信息完全开放供访问（请参见[]页）。用户需要根据许可协议注册，以便使用本网站提供的搜索功能或批量下载PDBbind的内容。所有学术和工业用户均可免费注册。请转到[]页并按照说明完成注册

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我不是生物化学家，但我怀疑你需要注册，因为浏览设施很少。我无法帮助您使用搜索功能，因为我不明白您需要什么。

现在流行的“编程”方法是从某处复制一些看起来像现有的代码，并将其发布到堆栈溢出上，要求对其进行编辑以执行新功能。虽然你可能会引起那些没有什么经验的订阅者的注意，他们想增加他们的积分，但这不仅仅是有点厚颜无耻。这里回答问题的大多数人都是行业专业人士，他们的时间安排比回答“请为我编写代码”的要求更好。假设你在互联网上找到一个设计，描述了如何建造一个鸟桌。你造的，很好。现在你也想要一个温室。你会向一个国际性的专业建筑师聚会展示你的鸟桌计划，并向他们征求关于如何将其纳入温室设计的建议吗？我认为，让博罗丁感到困扰的是，你实际上并不是在问一个编程问题。你的程序已经从互联网上下载了东西。你的问题是你不知道在哪里下载你想要的东西。但是我们帮不了你。我们大多数人都是专业的软件开发人员，就像博罗丁说的那样。虽然你想要完成的任务对我们来说就像区分动物和植物一样微不足道，但如果你两者都没有得到，你就无法做到这一点。您需要的是了解您的数据源。你说的那个网站。“我认为这根本不是一个好的比较”，我认为这是一个很好的比较。你从某个地方得到一个程序，然后一直摆弄它，直到它做了什么。你把它贴在这里是为了引起我们所有人的注意，询问如何编写一个完全不同的程序。您已经拥有的代码没有什么用处，您也可以将其忽略。似乎您希望我们研究BindingDB API并告诉您应该编写什么。如果你至少不能尝试一些东西，那么我们为你工作似乎是不合理的。@sergio：这并不是一个好迹象，说明你得到了两位Perl专家的建议，他们在这个网站上的经验都比你自己丰富得多，而且你自大到认为你比我们都知道得多。了解如何从网站获取所需信息不是一个编程问题。不，这不是我想要的。该数据库仅为您提供不同种类分子的结合亲和力度量。PDBBind的输入是我实际查找的PDB id。我只有BindingDB ID，而BindingDatabase（DB）专注于蛋白质和类药物小分子之间的相互作用。当我输入我拥有的绑定数据库ID时，它会给我不同的配体来绑定这个蛋白质（每个蛋白质有一个绑定数据库ID）。在每个配体内部都有一个PDB“子链接”，它打开了这个蛋白质的所有PDB结构，这些PDB结构都有共晶配体。我正在寻找每个配体和每个绑定DB ID的PDB结构。我可以手动操作，但我有将近500个ID。