Perl 同时打印和使用两个文件中的数据 pdb1.pdb ATOM 709 CA THR 25-29.789 33.001 72.164 1.00 0.00 原子711 CB THR 25-29.013 31.703 72.370 1.00 0.00 原子734 CG THR 25-29.838 30.458 72.573 1.00 0.00 原子768 CE THR 25-28.541 28.330 71.361 1.00 0.00 pdb2.pdb ATOM 765 N ALA 25-30.838 33.150 73.195 1.00 0.00 原子764 N LEU 26-29.457 33.193 69.767 1.00 0.00 原子783 N VAL 27-30.286 31.938 66.438 1.00 0.00 原子798 N GLY 28-28.076 30.044 64.519 1.00 0.00 期望输出 709 CA 765 N 1.477-29.789 33.001 72.164-30.838 33.150 73.195 709 CA 764 N 2.427-29.789 33.001 72.164-29.457 33.193 69.767 709 CA 783 N 5.844-29.789 33.001 72.164-30.286 31.938 66.438

等等

pdb1.pdb

和

pdb2.pdb

的内容是读取第2、3、6、7和8列中的值，然后使用第6、7、8列进行距离计算

我试过了，但是输出没有打印出来

Perl

open（f1，“pdb1.pdb”或die$！）；
打开（f2，“pdb2.pdb”或模具$！）；
而（$line1=）和（$line2=））{
@拆分=拆分（“”，$line1）；
my@fields=split/，$line1；
打印$fields[1]，“\n”；
我的$atom1=@{[$line1=~m/\S+/g]}[2]；
我的$no1=@{[$line1=~m/\w+/g]}[3]；
我的$x1=@{[$line1=~m/\w+/g]}[6]；
我的$y1=@{[$line1=~m/\w+/g]}[7]；
我的$z1=@{[$line1=~m/\w+/g]}[8]；
我的$atom2=@{[$line2=~m/\w+/g]}[2]；
我的$no2=@{[$line2=~m/\w+/g]}[3]；
我的$x2=@{[$line2=~m/\w+/g]}[6]；
我的$y2=@{[$line2=~m/\w+/g]}[7]；
我的$z2=@{[$line2=~m/\w+/g]}[8]；
打印$atom1；
对于（$f1，$f2）{
打印$atom1$no1$x1$y1$z1$atom2$no2$x2$y2$z2“\n”；
}
}
关闭（f1美元）；
收盘价（f2美元）；

您的代码有很多语法错误。我已经对你的代码做了一些更改，这将使你开始你想要的

首先，

使用严格的

和

使用警告

通过这种方式，您已经消除了很多噪音

use strict;
use warnings;

open(my $f1, "pdb1.pdb") or die $!;    
open(my $f2, "pdb2.pdb") or die $!;

while(defined(my $line1 = <$f1>) and defined(my $line2 = <$f2>))
{
   # print "Iam here";
   my  @splitted = split(' ',$line1);

    my @fields = split / /, $line1;

    #print $fields[1], "\n";

    my $atom1 = @{[$line1 =~ m/\S+/g]}[2];
    my $no1   = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[3];

    my $x1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[6];
    my $y1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[7];
    my $z1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[8];

    my $atom2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[2];
    my $no2   = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[3];

    my $x2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[6];
    my $y2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[7];
    my $z2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[8];

    #print $atom1;

    for ($f1, $f2) { 
        print "$atom1 $no1 $x1 $y1 $z1 $atom2 $no2 $x2 $y2 $z2 \n"; 
    }
}

close ($f1);
close ($f2);

如果按上述方式拆分一行，则会得到数组中的所有列。现在你的第1列在第0个索引中，第2列在第一个索引中，依此类推

所以要得到第一列，你应该这样做

my $col1 = @splitted[0];

如果您使用这些正则表达式只是为了获取列，那么它就不需要了，因为您已经在拆分这些列，并且每个列都独立于数组中

更新：

您遇到的问题是，您使用文件句柄进行迭代，这导致了问题

use strict;
use warnings;

open(my $f1, "<pdb1.pdb") or die "$!" ;
open(my $f2, "<pdb2.pdb") or die "$!" ; 
my @in1 = <$f1>;
my @in2 = <$f2>;

foreach my $file1 (@in1) {       #use array to iterate
    chomp($file1);
    #print "File1 $file1\n";
    my $atomno1=(split " ", $file1)[1];
    my $atomname1=(split " ", $file1)[2];
    my $xx=(split " ", $file1)[5];
    my $yy=(split " ", $file1)[6];
    foreach my  $file2(@in2) {

        chomp($file2);
        #print "File2 $file2\n";


        my $atomno2=(split " ", $file2)[1]; 
        my $atomname2=(split " ", $file2)[2];
        my $x=(split " ", $file2)[5];
        my $y=(split " ", $file2)[6];
        my $dis=sqrt((($x-$xx)*($x-$xx))+ (($y-$yy)*($y-$yy)));
        print "$atomno1 $atomname1 $atomno2 $atomname2 $dis $xx $yy $x $y\n" ; 
    }
    #$file1++;
} 
close ($f1); 

使用严格；
使用警告；
打开（我的$f1，“

将这两个文件读入内存可能是最简单的方法，除非它们是巨大的

此解决方案调用子程序
read_file
，从每个文件中构建所有五个感兴趣字段的哈希数组。然后计算增量并重新格式化数据以供输出

使用严格；
使用“全部”警告；
my$f1=读取_文件（'file1.txt'）；
my$f2=读取_文件（'file2.txt'）；
对于我的$r1（@$f1）{
对于我的$r2（@$f2）{
my（$dx，$dy，$dz）=映射{$r1->{$}-$r2->{$}qw/xyz/；
my$delta=sqrt（$dx*$dx+$dy*$dy+$dz*$dz）；
我的@rec=(
@{$r1}{qw/id name/}，
@{$r2}{qw/id name/}，
sprintf（'%5.3f'，$delta），
@{$r1}{qw/x y z/}，
@{$r2}{qw/x y z/}，
);
打印“@rec\n”；
}
}
子读取文件{
我的（$file\u name）=@；
打开我的$fh，“(u open（f1），”请解释@ruchikaI我不知道如何将上述内容打印为代码（脚本）但是它只运行一次，因为文件1是只读的。我需要的是在文件1中的每一行对文件2中的每一行运行程序，直到文件1的结尾。现在只有文件1的第一行和文件2的每一行都在运行。你知道如何让代码在文件1中的每一行都运行吗file1@ruchika那有用吗？
use strict;
use warnings;

open(my $f1, "<pdb1.pdb") or die "$!" ;
open(my $f2, "<pdb2.pdb") or die "$!" ; 
my @in1 = <$f1>;
my @in2 = <$f2>;

foreach my $file1 (@in1) {       #use array to iterate
    chomp($file1);
    #print "File1 $file1\n";
    my $atomno1=(split " ", $file1)[1];
    my $atomname1=(split " ", $file1)[2];
    my $xx=(split " ", $file1)[5];
    my $yy=(split " ", $file1)[6];
    foreach my  $file2(@in2) {

        chomp($file2);
        #print "File2 $file2\n";


        my $atomno2=(split " ", $file2)[1]; 
        my $atomname2=(split " ", $file2)[2];
        my $x=(split " ", $file2)[5];
        my $y=(split " ", $file2)[6];
        my $dis=sqrt((($x-$xx)*($x-$xx))+ (($y-$yy)*($y-$yy)));
        print "$atomno1 $atomname1 $atomno2 $atomname2 $dis $xx $yy $x $y\n" ; 
    }
    #$file1++;
} 
close ($f1);