如何使用替换矩阵修改Smith-Waterman算法来对齐Perl中的蛋白质？

在Perl中，如何使用替换矩阵来调整蛋白质

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[需要引用]

如果遇到困难，可以从开始，尝试以你想要的方式修改，并提出具体问题。

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我实际上是一名生物信息学研究人员，还有一个正在等待他自己的生物信息学代码运行，所以我将尝试回答你的问题，尽管这是一个相当糟糕的问题

我不知道你为什么认为需要“修改”史密斯-沃特曼算法。Smith-Waterman算法唯一需要对齐蛋白质而不是DNA的是蛋白质的替换矩阵。调查BLOSUM或PAM。这是基于很久以前一些生物学家手工排列的序列中各种氨基酸对的替换频率

构建蛋白质序列的替代矩阵比构建DNA序列要复杂得多。例如，你会期望一种亲水性氨基酸相对频繁地替代另一种，因为它通常能够这样做，而不会导致蛋白质失去功能。然而，你不会期望疏水性氨基酸经常取代亲水性氨基酸，因为这会更彻底地改变蛋白质结构

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如果你将替代矩阵视为输入而不是算法的一部分，史密斯-沃特曼算法虽然通常应用于DNA或蛋白质，但在技术上是一种通用的字符串对齐算法。

我实际上是一名生物信息学研究人员，正在等待他自己的生物信息学代码运行，所以，我将尝试回答你的问题，尽管它的姿势很糟糕

我不知道你为什么认为需要“修改”史密斯-沃特曼算法。Smith-Waterman算法唯一需要对齐蛋白质而不是DNA的是蛋白质的替换矩阵。调查BLOSUM或PAM。这是基于很久以前一些生物学家手工排列的序列中各种氨基酸对的替换频率

构建蛋白质序列的替代矩阵比构建DNA序列要复杂得多。例如，你会期望一种亲水性氨基酸相对频繁地替代另一种，因为它通常能够这样做，而不会导致蛋白质失去功能。然而，你不会期望疏水性氨基酸经常取代亲水性氨基酸，因为这会更彻底地改变蛋白质结构

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如果将替换矩阵视为输入而不是算法的一部分，则Smith-Waterman算法虽然通常应用于DNA或蛋白质，但从技术上讲是一种通用的字符串对齐算法。

如何提供指向该算法描述的链接，替换矩阵的定义和蛋白质排列的定义。否则，你的问题对非生物学家（我怀疑甚至是一些生物学家）来说是不透明的。你想修改算法还是仅仅使用不同的评分矩阵？如果你想修改算法，你应该已经对数学有了很好的理解，对它的现状和你想要的数学有了很好的理解；我对这一领域的了解还不够，无法知道分子生物学家通过排列蛋白质是否意味着特定的东西，以及替代矩阵的定义是否明确。该算法的链接并不描述该算法，而是对如何使用该算法的简要描述。提供算法描述、替换矩阵定义和蛋白质比对定义的链接如何。否则，你的问题对非生物学家（我怀疑甚至是一些生物学家）来说是不透明的。你想修改算法还是仅仅使用不同的评分矩阵？如果你想修改算法，你应该已经对数学有了很好的理解，对它的现状和你想要的数学有了很好的理解；我对这一领域的了解还不够，无法知道分子生物学家通过排列蛋白质是否意味着特定的东西，以及替代矩阵的定义是否明确。给算法的链接并没有描述算法，而是简单描述了如何使用它。爱水和怕水，嗯。我得查一下我前生是个化学家。。编程要简单得多爱水怕水，嗯。我得查一下我前生是个化学家。。编程要简单得多D