Pymatgen 原子笛卡尔坐标旁边的坐标表在邻域列表中代表什么

Pymatgen 原子笛卡尔坐标旁边的坐标表在邻域列表中代表什么,pymatgen,Pymatgen,我试图使用以下脚本,通过使用min_dist方法,使用pymatgen.analysis.local_env模块分析结果: from pymatgen.analysis.local_env import structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif") neighbor_list = [] for i in range(len(structure_from_cif.species)): neighbors = get

我试图使用以下脚本,通过使用min_dist方法,使用
pymatgen.analysis.local_env
模块分析结果:

from pymatgen.analysis.local_env import
structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif")
neighbor_list = []
for i in range(len(structure_from_cif.species)):
    neighbors = get_neighbors_of_site_with_index(structure_from_cif, i, approach = "min_dist", delta = 0.3, cutoff= 3)
    neighbor_list.append([str(structure_from_cif.species[i])+str(i), str(neighbors)])
我得到以下输出,其中一部分如下所示。我知道()中的第一个坐标是笛卡尔坐标。我认为[]中的坐标是周期图像,但当我分析它们时,我感到怀疑。例如,有谁能帮助我理解[]中这些坐标的实际含义和意义吗 在第一种情况下,[-0.3863,-0.2759,1.3863],依此类推

['Ti0', “[PeriodicSite:O(-0.8310,-0.7224,22.9070)[0.3863,-0.2759,1.3863],PeriodicSite:O(-1.3193,1.8955,23.8405)[-0.3863,0.7241,0.3863],PeriodicSite:O(1.6691,-0.7224,24.2132)[0.6137,-0.2759,1.3863],PeriodicSite:O(1.1809,1.8955,25.1466)[0.6137,0.7241], ['Ti1', [PeriodicSite:O(-1.3145,-0.7079,26.8777)[-0.5786,-0.2704,1.5786],PeriodicSite:O(-1.8028,1.9100,27.8111)[-0.5786,0.7296,0.5786],PeriodicSite:O(1.1856,-0.7079,28.1838)[0.4214,-0.2704,1.5786],PeriodicSite:O(0.6974,1.9100,29.1173)[0.4214,0.7296,0.7296,4050.035,-[-0.4205, -0.0146, 1.4205]]'], ['Ti2', [0.5796,0.0145,0.01445,0.0145,1.5796],周期委员会:O(-1.9444,2.6559,2.6559,34.1725.1725)[-0.0.0.0-0-0.5762,0.4562,0.0.0380,0.0380,33.2391.2391[0.0.5796[0.5796,0.5796,0.0.5796,0.5796],周期委员会:O(-0-O(-1.0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0(1.5545,0.45,0.45,0.0145,0.45,0.0145,0.45,0.45,1.45,1.45,1.45,1]]'],


方括号中的第二组坐标是该场地相对于结构晶格的分数坐标。分数坐标环绕周期边界,因此:

[-0.3863,-0.2759,1.3863]

相当于[0,1)范围内的这些坐标:

[0.6137,0.7241,0.3863]


但是,出于技术原因,默认情况下分数坐标不包装为[0,1],因为此信息对某些模拟代码有意义。然而,出于实际目的,解释它们的最简单方法是[0,1)范围。

我试图将单位细胞的邻域合并到超级细胞信息中,因此我认为这些可能是下一个外壳中的图像。非常感谢您的澄清。