Python 3.x 安装RDKit
我已经在我的Debian v-9.1.0 64位Linux平台上安装了Miniconda3当前版本的Python 3.x 安装RDKit,python-3.x,rdkit,Python 3.x,Rdkit,我已经在我的Debian v-9.1.0 64位Linux平台上安装了Miniconda3当前版本的Spyder3.2.1。Spyder的表现很好,但我在安装RDKit时遇到了困难 我按照RDKit\u Docs\u current.pdf中的说明操作: 如何使用Conda安装RDKit 创建一个新的conda环境,并使用这些工具安装RDKit 程序包需要一个类似于以下内容的命令: $conda create-c rdkit-n my rdkit env rdkit 最后,必须激活新环境,以便
Spyder3.2.1
。Spyder的表现很好,但我在安装RDKit时遇到了困难
我按照RDKit\u Docs\u current.pdf中的说明操作:
如何使用Conda安装RDKit
创建一个新的conda环境,并使用这些工具安装RDKit
程序包需要一个类似于以下内容的命令:
$conda create-c rdkit-n my rdkit env rdkit
最后,必须激活新环境,以便
相应的python解释器在同一个shell中可用:
$source激活我的rdkit环境
安装过程中没有警告或错误消息,但当我尝试运行简单的Python脚本时:
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Aug 15 11:41:24 2017
@author: comp
"""
from __future__ import print_function
from rdkit import Chem
m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
m
我得到:
IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python.
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
Traceback (most recent call last):
File "<ipython-input-1-3842c59475d8>", line 1, in <module>
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 688, in runfile
execfile(filename, namespace)
File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 101, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)
File "/home/comp/Apps/Python/untitled0.py", line 10, in <module>
from rdkit import Chem
ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'
ipython6.1.0——一种增强的交互式Python。
运行文件('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
回溯(最近一次呼叫最后一次):
文件“”,第1行,在
运行文件('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
文件“/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py”,第688行,在runfile中
execfile(文件名、命名空间)
文件“/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py”,第101行,在execfile中
exec(编译(f.read(),文件名,'exec'),命名空间)
文件“/home/comp/Apps/Python/untitled0.py”,第10行,在
来自rdkit进口化学公司
ModuleNotFoundError:没有名为“rdkit”的模块
RDKit安装在~/miniconda3/envs/mr RDKit env
不幸的是,我不知道问题可能是什么,非常感谢您的帮助
提前感谢。如果您正在使用PyCharm,请尝试在文件>设置>项目解释器>+
中安装RDKit
软件包,然后搜索RDkit
在安装RDkit的地方安装并使用Python解释器,或者您可以在Python解释器上引用您的~/miniconda3/envs/mr RDkit env/Python.exe
,将当前的Python版本切换到python2.7,您可以创建一个环境:conda create-n my_env_name python=2.7
您能解释一下原因吗?