Python 在C+中写入hdf5文件+;导致数据在某一点被截断
考虑以下代码:Python 在C+中写入hdf5文件+;导致数据在某一点被截断,python,c++,hdf5,Python,C++,Hdf5,考虑以下代码: #include <H5Cpp.h> #include <vector> #include <eigen3/Eigen/Dense> #include <iostream> double* matrix_to_array(Eigen::MatrixXd const &input){ int const NX = input.rows(); int const NY = input.cols(); d
#include <H5Cpp.h>
#include <vector>
#include <eigen3/Eigen/Dense>
#include <iostream>
double* matrix_to_array(Eigen::MatrixXd const &input){
int const NX = input.rows();
int const NY = input.cols();
double *data = new double[NX*NY];
for(std::size_t i=0; i<NX; i++){
for(std::size_t j=0; j<NY; j++){
data[j+i*NX] = input(i,j);
}
}
return data;
}
int main() {
Eigen::MatrixXd data = Eigen::MatrixXd::Random(124, 4654);
data.fill(3);
H5::H5File file("data.hdf5", H5F_ACC_TRUNC);
hsize_t dimsf[2] = {data.rows(), data.cols()};
H5::DataSpace dataspace(2, dimsf);
H5::DataSet dataset = file.createDataSet("test_data_set",
H5::PredType::NATIVE_DOUBLE,
dataspace);
auto data_arr = matrix_to_array(data);
dataset.write(data_arr, H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
delete[] data_arr;
}
在执行之后,我认为一切都很好,但是在运行下面的python代码时(这是bscly。只是逐行打印数据)
我意识到矩阵的前18000个左右的条目被正确地写入hdf5文件,而其余的由于某种原因被设置为零。我在上面的C++代码中检查了<代码>数据< /代码>和<代码> DATAYARR < /代码>,并且所有的两个矩阵的条目都设置为0,因此在编写过程中必须在HDF5文件中发生错误。问题是,我不知道在哪里。我到底遗漏了什么?在尝试并参考了H5组的示例后,我让它开始工作
#include <iostream>
#include <string>
#include "H5Cpp.h"
#include <eigen3/Eigen/Dense>
using namespace H5;
int main (void){
const H5std_string FILE_NAME( "data.h5" );
const H5std_string DATASET_NAME( "DOUBLEArray" );
const int NX = 123; // dataset dimensions
const int NY = 4563;
const int RANK = 2;
Eigen::MatrixXd data = Eigen::MatrixXd::Random(NX, NY);
int i, j;
double data_arr[NX][NY]; // buffer for data to write
for (j = 0; j < NX; j++)
{
for (i = 0; i < NY; i++)
data_arr[j][i] = data(j,i);
}
H5File file( FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC );
hsize_t dimsf[2]; // dataset dimensions
dimsf[0] = NX;
dimsf[1] = NY;
DataSpace dataspace( RANK, dimsf );
/*
* Define datatype for the data in the file.
* We will store little endian DOUBLE numbers.
*/
FloatType datatype( PredType::NATIVE_DOUBLE );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );
DataSet dataset = file.createDataSet( DATASET_NAME, datatype, dataspace );
dataset.write( data_arr, PredType::NATIVE_DOUBLE );
}
而在问题中,我们只是传递
PredType::NATIVE\u DOUBLE
作为参数。我无法解释为什么或者这是否解决了问题…我对HDF5不太熟悉,但我注意到您的数据缓冲区是用一维表示的2d矩阵。传递给数据集的数据空间也是二维的。HDF5是否假定它总是会收到一个“展平”的矩阵,或者您需要更改数据空间?@AndyG这是一个很好的观点,老实说,我不确定,因为这几乎是我第一次使用HDF5。。我是基于上面的代码编写的。我不是HDF5库的专家,但我最近使用过它,我很确定它确实需要一个扁平矩阵。@prpin但是你应该如何恢复数据的原始形状呢?
import h5py
import numpy as np
hf = h5py.File("build/data.hdf5", "r")
keys = list(hf.keys())
data_set = hf.get(keys[0])
data_set_np = np.array(data_set)
for row in data_set_np:
print(row)
#include <iostream>
#include <string>
#include "H5Cpp.h"
#include <eigen3/Eigen/Dense>
using namespace H5;
int main (void){
const H5std_string FILE_NAME( "data.h5" );
const H5std_string DATASET_NAME( "DOUBLEArray" );
const int NX = 123; // dataset dimensions
const int NY = 4563;
const int RANK = 2;
Eigen::MatrixXd data = Eigen::MatrixXd::Random(NX, NY);
int i, j;
double data_arr[NX][NY]; // buffer for data to write
for (j = 0; j < NX; j++)
{
for (i = 0; i < NY; i++)
data_arr[j][i] = data(j,i);
}
H5File file( FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC );
hsize_t dimsf[2]; // dataset dimensions
dimsf[0] = NX;
dimsf[1] = NY;
DataSpace dataspace( RANK, dimsf );
/*
* Define datatype for the data in the file.
* We will store little endian DOUBLE numbers.
*/
FloatType datatype( PredType::NATIVE_DOUBLE );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );
DataSet dataset = file.createDataSet( DATASET_NAME, datatype, dataspace );
dataset.write( data_arr, PredType::NATIVE_DOUBLE );
}
FloatType datatype( PredType::NATIVE_DOUBLE );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );